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本发明公开了一种制备富含鹅肌肽和谷胱甘肽的金枪鱼肽的方法,属于活性肽制备技术领域。该方法包括以下步骤:在60~70℃条件下进行两次水提天然活性肽、用中性蛋白酶酶解肉渣并添加风味蛋白酶、灭活、离心、合并料液、两次板框压滤料液、经1级活性炭纤维膜在35℃条件下进行脱腥脱色、负压浓缩、瞬时喷雾干燥。本发明的有益之处在于:发酵时间短,适合工业化生产,制备得到的金枪鱼肽富含鹅肌肽和谷胱甘肽。