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本发明涉及一种芽孢杆菌菌肥及其制备方法和应用,其解决了现有技术中使用农药导致残留、使用化肥导致土壤板结的技术问题,其包括如下步骤:(1)选择菌种解淀粉芽孢杆菌、多粘类芽孢杆菌和巨大芽孢杆菌;(2)发酵培养:得到种子培养液;(3)菌剂复配,得到液体菌肥或固体菌剂。本发明可用于水稻种植专用菌肥的制备领域。