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本发明提供一种SERS基底结构、制备方法及检测方法,SERS基底结构包括:基板;光敏结构层,位于基板上;以及纳米颗粒层,位于光敏结构层上,纳米颗粒层包括若干个纳米颗粒,所述纳米颗粒在检测光波的照射下进行待检测分子的光谱检测。通过上述方案,本发明通过SERS基底结构的设计,通过光敏结构层实现了SERS基底的结构可变,从而实现了SERS能力的可变,本发明的设计可以在较大的初始纳米颗粒间距的条件下提高SERS能力,可以同时提高了待检测分子的进入能力和SERS基底的SERS能力,还可以实现SERS基底的重复利用。