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本发明公开了一种海藻酸钠基复合水凝胶的制备方法:将氯化锌和二氯化锰的混合溶液,加入到壬基酚聚氧乙烯醚和环己烷的混合溶剂中,得到第一溶液;将环二核苷酸类干扰素基因刺激蛋白激动剂和碳酸氢钠的混合溶液加入到含有1,2?DI(顺?9?十八碳烯酰)?SN?甘油3?磷酸钠盐的壬基酚聚氧乙烯醚和环己烷的混合溶剂中,得到第二溶液,并对第一溶液和第二溶液进行第一预设处理,得到锌锰基纳米颗粒;将3?氨基苯硼酸加入海藻酸钠、1?乙基?(3?二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐和N?羟基琥珀酰亚胺的混合溶液中,并进行第二预设处理,得到氨基苯硼酸修饰的海藻酸钠;根据锌锰基纳米颗粒和氨基苯硼酸修饰的海藻酸钠,得到海藻酸钠基复合水凝胶;提高了激动剂载体的实用性。