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本发明涉及制备肺炎球菌荚膜多糖和肺炎球菌疫苗的方法。制备肺炎球菌荚膜多糖的方法包括提供选定血清型的肺炎球菌溶解产物;去除溶解产物中的蛋白质和核酸,去除蛋白质和去除核酸在分开的步骤中不按序地进行;去除蛋白质的步骤包括I)将待处理的样品与脱氧胆酸钠混合,使该混合体系的pH为3?6,离心得到上清液,将该上清液的pH调至6?8,得到第一上清液;II)去除第一上清液中的脱氧胆酸钠;去除核酸的步骤包括A)将待处理的样品与二价盐混合,使该混合体系的pH为1?4,离心得到上清液,将该上清液的pH调至6?8,得到第二上清液;B)去除第二上清液中的在步骤A)中所添加的二价盐。本发明的方法简单、巧妙,实现了优秀的肺炎球菌荚膜多糖纯化效果。