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本发明公开了一种飞秒等离子体光栅制造微流控芯片方法及其装置,其特点是采用两束或多束飞秒脉冲激光以一定的夹角共同作用到石英玻璃内汇聚,且时域上脉冲达到同步时,两束光脉冲发生干涉,受干涉场的约束,干涉相长的地方仅形成一条光丝,多条光丝在空间上等间距排列,形成等离子体光栅,微流控芯片制造装置包括:等离子体光栅光路、微通道加工平台和氢氟酸超声池。本发明与现有技术相比具有提高石英玻璃微流体芯片的制造速度、改善微通道壁面的粗糙度质量的优点,尤其便于加工三维立体结构的微流体芯片,为微通道芯片制造提供新的制备方法,尤其在超快光学技术加工微流控芯片具有独特的优势。