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本发明公开了一种飞秒脉冲簇制备石英微流控芯片方法及其装置,其特点是将飞秒脉冲簇通过分束器件分成多路,经过汇聚透镜在焦点处形成飞秒脉冲簇等离子体,或者多路光束之间干涉形成飞秒脉冲簇等离子体光栅,同时通过光烧蚀加工微通道以及氢氟酸浸泡制备微流控芯片。微流控芯片制造装置包括:飞秒脉冲簇激光源、光束分离与干涉、激光烧蚀加工微通道、氢氟酸浸泡池。本发明为微通道芯片制造提供新的制备方法,在超快光学技术加工微流控芯片领域具有很好的应用前景。