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提供了荔枝酵素、其制备方法和用途。提供了荔枝酵素在制备组合物中的用途,所述组合物用于提高肠道屏障功能、双向调节肠道免疫、改善肠道炎症、维持肠道稳态、或改善肠道健康。荔枝酵素的制备方法包括:(1)一级发酵;(2)对一级发酵后的产物进行挤压和过滤,获得一级发酵滤液;和(3)二级发酵;(4)对二级发酵液进行过滤、灭菌以得到荔枝酵素。本发明的荔枝酵素可用于提高肠道屏障功能、双向调节肠道免疫、改善肠道炎症、维持肠道稳态,进而改善肠道健康。