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本发明提供一种热反射显微热成像系统的跟焦方法、装置及电子设备。该方法包括:获取初始图像、第一图像、第二图像。分别计算初始图像、各第一图像和各第二图像的图像清晰度。若第一平均清晰度大于第二平均清晰度,将物距调整至初始物距减预设步长。若第一平均清晰度小于等于第二平均清晰度,将物距调整至初始物距加预设步长。将调整后的物距作为初始物距。本发明通过按预设步长交替调整物距、采集图像,对比两个相邻物距下的平均图像清晰度,按预设步长调整物距后,再次以调整后的物距为基准继续交替调整物距采集图像和调整物距。可在热反射显微热成像系统测试温度过程中,循环执行,实时调整物距,持续保持图像清晰,实现连续实时跟焦。