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本发明公开了一种生物基可降解共聚酯热熔胶及其制备方法。一种生物基可降解共聚酯热熔胶,包括下述摩尔份:柠檬酸:7~15份、衣康酸:3~15份、4,4’?二苯醚二甲酸:5~10份、二元醇:100~200份、二元酸:100~200份、抗氧剂:二元酸质量的1%~5%、催化剂:二元酸质量0.02~0.1%。在本发明中,主要通过柠檬酸、衣康酸、4,4’?二苯醚二甲酸、二元醇,先聚合成生物基化合物,其中柠檬酸、衣康酸均属于生物基材料,其两端均带有羧基,能够与二元醇反应生成聚合物,同时添加了4,4’?二苯醚二甲酸,引入了醚键和苯环,使得生物基聚合物的韧性更强,从而在生物基聚合物引入到聚酯热熔胶上,与二元醇、二元酸进行反应生成热熔胶的时候,热熔胶的韧性也得到了明显的提升。