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本发明公开一种尿苷二磷酸的核酸适体及其筛选方法和应用,核酸适体的序列如SEQIDNO:1所示;筛选方法为CIVT?SELEX,即先采用Capture?SELEX方法进行初筛,得到可以与目标配体结合的单链核酸,然后利用体外转录过程再次进行筛选,从而获得与目标配体结合后发生显著构象变化的核酸适体。本发明成功得到了既能以单链线性的形式检测酶促反应液中的尿苷二磷酸,又可以在体外转录过程中响应不同浓度尿苷二磷酸,而对下游基因转录做出激活调控的核酸适体序列;CIVT?SELEX有希望应用于其他靶标配体的适体序列筛选,可用于检测和作为基因元件应用于基因回路中进行调控。