应用基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因.docx

应用基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因【摘要】目的应用基因芯片技术研究人卵巢癌紫杉醇耐药细胞株OC3/Tax300与其亲本细胞OC3(敏感株)之间的基因表达谱差异，筛选耐药相关基因，探讨基因表达谱差异与卵巢癌肿瘤耐药之间相关性。方法分别提取C3/Tax300与OC3细胞的总RNA并纯化mRNA；将等量的mRNA逆转录，以Cy5和Cy3标记的cDNA做探针，在BiostarH140S基因表达谱芯片上进行杂交。扫描芯片荧光信号图像，用基因图像分析软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果共筛选出显着表达差异基因134条，其中117种基因表达水平下调，17种基因表达上调，主要涉及细胞信号蛋白和传递蛋白，蛋白翻译合成类以及细胞骨架和运动、离子通道和运输蛋白、代谢、发育等14大类相关基因。下调基因主要为EBNA3、COP9、StIP1，上调的基因主要是JAK2、HSPS、NADH等。结论这些基因表达差异与卵巢癌化疗耐药有关。【关键词】基因芯片卵巢癌耐药相关基因ScreeningDifferentialExpressionofTaxolresistanceRelatedGeneofOvarianCarcinnomabycDNAMicroarrayAbstract：ObjectiveTostudythegenedifferentialexpressionoftaxolresistancecelllineOC3/Tax300ofovariancarcinnomacomparedwithotherparentcellOC3，screendrugresistancerelatedgenebycDNAmicroarray,anddiscussthereiationshipbetweengeneexpressiondifferenceanddrugThecDNAretro-transcribedfromequalquantitymRNAderivedfromOC3/Tax300andOC3whichwerelabeledwithCy5andCy3fluorescenceasproberespectively.ThemixedprobewerehybridizedwithBiostarH140Sgeneexpressionchip.Theacquiredimagewasanalyzedby134signitificantlydifferentlyexpressedgeneswerescreenedout,ofwhichup-anddownregulatedgeneswere17and117respectively.Theywererelatedto14kindsofgenes.Thedown-regulatedgeneswereEBNA-3,COP9,StIP1，andsoon.Theup-regulatedgeneswereJAK2,HSPS,NADH,andsoThesegenesrelatedtothemechnismsofdrug-resistanceofovariancancer.Keywords：cDNAmicroarray;Ovariancancer;Drug-resistance-relatedgene0引言由于早期诊断困难和化疗耐药，卵巢癌在妇科恶性肿瘤中死亡率占第一位。卵巢癌的发生、发展与多种基因的突变、失活、表达异常有关，研究常规化疗药物作用下相关基因水平改变，寻找新的耐药相关基因，对探讨卵巢癌化疗耐药机制将起重要的作用。本课题应用基因芯片技术研究卵巢癌紫杉醇耐药细胞株OC3/Tax300与其亲本细胞OC3(敏感株)之间的基因表达谱差异，筛选耐药相关基因，探讨卵巢癌肿瘤耐药机制。1材料与方法本课题所用卵巢癌耐药细胞模型OC3/Tax300为本实验室自建，具体方法和鉴定结果另文发表[1]。其亲本细胞OC3为军事医学科学院李春海教授所赠。基因表达谱芯片BiostarH140S由上海博星基因芯片有限责任公司提供。试剂：TRIzol，异丙醇，氯仿，75%乙醇，MilliQ水，无水乙醇，杂交试剂盒。方法：分别取OC3与OC3/Tax300细胞，加适量TRLzol匀浆，离心10min取上清液加入氯仿，震荡后放置3min，向上清液中加异丙醇充分混匀再离心10min，加入两次75%乙醇离心弃上清，加入MilliQ水完全溶解RNA沉淀，-80℃保存。经预杂交后加入逆转录引物合成cDNA，以Cy5标记耐药细胞，Cy3标记敏感细胞cDNA做探针，纯化后在BiostarH140S基因表达谱芯片上进行杂交。冲洗玻片晾干后以扫描仪ScanArray4000扫描芯片荧光信号图像，用基因图像分析软件对扫描图像进行数字化处理和分析。2结果总RN