(完整版)Gromacs命令锦集.pdf

(完整版)Gromacs命令锦集--目录1、MAKE_NDX........................................................................................................................................22、G_TRAJ..............................................................................................................................................33、G_ENERGY另外一种用法.................................................................................................................34、PDB2GMX..........................................................................................................................................35、GENION.............................................................................................................................................56、EDITCONF...........................................................................................................................................57、G_RAMA............................................................................................................................................68、G_CLUSTER........................................................................................................................................79、GENBOX.............................................................................................................................................7(完整版)Gromacs命令锦集--(完整版)Gromacs命令锦集--1、make_ndxGromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子，比方想详细了解HIV整合酶切割DNA的反响机理，使用量子力学模拟反响位点的反响过程，而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。于是我们就面临一个对模拟系统进行分割定义的问题，在gromacs中，就要用到索引文件。根本的思路是这样的，在索引文件中，定义一个独立的组，这个组包括反响位点处所有原子。在模拟的.mdp文件中，对这个组定义量子力学模拟，事情就是这么简单。对蛋白进行量子力学模拟时，一般使用洋葱模型。所谓洋葱模型，就是对反响位点使用量子机制，在反响位点一定的半径内，使用半量子力学机制，然后分子局部使用分子机制。那么索引文件就定义一个使用量子力学的组，把需要引进量子机制的原子都放到这个组中；再定义一个半量子机制的组，同时放进需要半量子力学机制模拟的原子，再在.mdp文件中单独定义即可。再举一个例子，比方说在进行SMD〔SteeredMolecularDynamics，这个我一直没有想到或者找到切恰的中文翻译方法，或许可以叫做牵引分子动力学？？别扭！！〕中，要对蛋白莫一个原子或者残基作用力，那么可以建立一个索引文件，在该文件中定义一个组，把要施力的残基或者原子放到该组中。然后在.ppa文件中使用该组就行了。如果我还没有说明白，那