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(完整版)Gromacs命令锦集.pdf

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(完整版)Gromacs命令锦集--目录1、MAKE_NDX........................................................................................................................................22、G_TRAJ..............................................................................................................................................33、G_ENERGY另外一种用法.................................................................................................................34、PDB2GMX..........................................................................................................................................35、GENION.............................................................................................................................................56、EDITCONF...........................................................................................................................................57、G_RAMA............................................................................................................................................68、G_CLUSTER........................................................................................................................................79、GENBOX.............................................................................................................................................7(完整版)Gromacs命令锦集--(完整版)Gromacs命令锦集--1、make_ndxGromacs的索引文件即index文件由make_ndx程序生成文件后缀为.ndx。索引文件是gromacs最重要的概念文件使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子比方想详细了解HIV整合酶切割DNA的反响机理使用量子力学模拟反响位点的反响过程而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。于是我们就面临一个对模拟系统进行分割定义的问题在gromacs中就要用到索引文件。根本的思路是这样的在索引文件中定义一个独立的组这个组包括反响位点处所有原子。在模拟的.mdp文件中对这个组定义量子力学模拟事情就是这么简单。对蛋白进行量子力学模拟时一般使用洋葱模型。所谓洋葱模型就是对反响位点使用量子机制在反响位点一定的半径内使用半量子力学机制然