SARS-CoV-2 S蛋白RBD区中和表位肽及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114163504A(43)申请公布日2022.03.11(21)申请号202111047637.2C12N5/10(2006.01)(22)申请日2021.09.08(66)本国优先权数据202010945544.02020.09.10CN(71)申请人迈威（上海）生物科技股份有限公司地址201210上海市浦东新区李冰路576号（创想园）3号楼4楼(72)发明人王荣娟焦莎莎杨莹莹王双(51)Int.Cl.C07K14/165(2006.01)C07K16/10(2006.01)C07K19/00(2006.01)C12N15/85(2006.01)C12N15/50(2006.01)C12N15/62(2006.01)权利要求书4页说明书23页序列表12页附图13页(54)发明名称SARS-CoV-2S蛋白RBD区中和表位肽及其应用(57)摘要本公开在SARS‑CoV‑2S蛋白RBD区中和抗体的基础上，重组表达制备了中和抗体Fab段，使其与SARS‑CoV‑2S蛋白RBD反应形成抗原‑抗体复合物，纯化、结晶、X‑晶体衍射分析。利用PDB数据库中的同源复合物三维结构作为模型对所述抗原‑抗体复合物结构进行解析，获得SARS‑CoV‑2S蛋白RBD上与中和抗体相互作用的氨基酸残基，对关键的氨基酸残基进行定点突变，检测SARS‑CoV‑2S蛋白RBD突变体与中和抗体Fab的亲和力。根据RBD点突变对亲和力的影响程度，确定表位肽段。还提供了表位肽段制备融合抗原检测SARS‑CoV‑2的用途、表位肽段制备免疫原制备疫苗或抗体的用途。CN114163504ACN114163504A权利要求书1/4页1.一种获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，包括以下步骤：(1)获得抗SARS‑CoV‑2抗体；(2)制备抗SARS‑CoV‑2抗体Fab段；(3)将步骤(2)制备的抗SARS‑CoV‑2抗体Fab段与重组SARS‑CoV‑2抗原在适合二者形成抗原‑抗体复合物的条件下反应；(4)对步骤(3)形成的抗原‑抗体复合物进行纯化、结晶、X‑射线晶体衍射分析；(5)利用数据库中抗原、抗体的X‑射线晶体三维结构图为模型，解析步骤(4)中的抗原‑抗体复合物结构；(6)根据步骤(5)中抗原‑抗体复合物结构的解析结果，确定SARS‑CoV‑2抗原上与中和抗体相互作用的氨基酸残基；(7)根据步骤(6)中SARS‑CoV‑2抗原上与中和抗体相互作用的氨基酸残基确定表位肽的序列。2.如权利要求1所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：步骤(1)以SARS‑CoV‑2或其抗原蛋白制备免疫原，制备抗SARS‑CoV‑2单克隆抗体。3.如权利要求1或2所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：所述的抗原蛋白为SARS‑CoV‑2的S蛋白或其片段，所述抗SARS‑CoV‑2单克隆抗体为中和性抗体。4.如权利要求1或2所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：抗SARS‑CoV‑2抗体具有选自SEQIDNO:1、3、5、7任一或其变体的重链可变区；和/或具有选自SEQIDNO:2、4、6、8任一或其变体的轻链可变区。5.如权利要求1所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：步骤(2)中的抗SARS‑CoV‑2抗体Fab段通过重组表达制备或通过酶切纯化制备。6.如权利要求1所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：步骤(3)中抗SARS‑CoV‑2抗体Fab段与重组SARS‑CoV‑2抗原的摩尔比为0.8‑1:1‑2.5。7.如权利要求1所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：步骤(4)中采用坐滴法，在柠檬酸钠、PEG、尿素的条件下结晶。8.如权利要求1所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：步骤(5)中作为模型的抗体X‑射线晶体三维结构图为PBD数据库PDBID:6JJP中所示的抗体Fab结构、作为模型的抗原X‑射线晶体三维结构图为PBD数据库PDBID:6LZG中所示的SARS‑CoV‑2S蛋白RBD结构。9.如权利要求1所述获得SARS‑CoV‑2B细胞表位的方法，其特征在于：步骤(6)还包括对SARS‑CoV‑2S蛋白RBD上与中和抗体相互作用的氨基酸残基进行定点突变验证，检测SARS‑CoV‑2S蛋白RBD突变体与中和抗体Fab的亲和力。10.一种通过权利要求1‑9任一所述方法获得的SARS‑CoV‑2B细胞表位。11.SARS‑CoV‑2S蛋白RBD区的B细胞表位，其选自SARS‑CoV‑2S蛋白RBD区的第446‑456aa、481‑494aa、444‑456aa、4