使用双半抗原探针的对重组酶聚合酶扩增的检测.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN111201328A(43)申请公布日2020.05.26(21)申请号201880065797.X尼尔·A·阿姆斯(22)申请日2018.09.14(74)专利代理机构北京市铸成律师事务所1(30)优先权数据131362/558,7052017.09.14US代理人王丹丹郭丽祥(85)PCT国际申请进入国家阶段日(51)Int.Cl.2020.04.09C12Q1/6858(2006.01)C12Q1/683(2006.01)(86)PCT国际申请的申请数据C12Q1/6844(2006.01)PCT/US2018/0510782018.09.14C12Q1/6853(2006.01)(87)PCT国际申请的公布数据C12Q1/6874(2006.01)WO2019/055780EN2019.03.21(71)申请人爱乐圣地亚哥公司地址美国加利福尼亚州(72)发明人M·L·鲍威尔F·R·布乐尔凯撒利尔·J·格林伍德权利要求书5页说明书23页奥拉夫·派普拉序列表2页附图16页(54)发明名称使用双半抗原探针的对重组酶聚合酶扩增的检测(57)摘要本公开涉及使用双半抗原探针检测靶核酸序列的方法和组合物。更具体地说，本公开涉及使用重组酶聚合酶扩增(RPA)和双半抗原探针检测靶核酸序列。在一些情况下，检测是在侧流试纸条上。CN111201328ACN111201328A权利要求书1/5页1.一种重组酶聚合酶扩增组合物，所述重组酶聚合酶扩增组合物包含：拥挤剂；具有双半抗原离去基团的寡核苷酸探针；和核酸酶。2.如权利要求1所述的组合物，其中所述拥挤剂包括聚乙二醇(PEG)、聚乙烯醇(PVA)、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、Ficoll或葡聚糖。3.如权利要求1或2所述的组合物，其中所述拥挤剂具有至少1千道尔顿、至少2千道尔顿、至少3千道尔顿、至少4千道尔顿、至少5千道尔顿、至少6千道尔顿、至少8千道尔顿或至少10千道尔顿的分子量。4.如权利要求1至3所述的组合物，其中所述拥挤剂以至少15％v/v的浓度、至少12％v/v的浓度、至少10％v/v的浓度、至少8％v/v的浓度、至少6％v/v、至少5％v/v的浓度、至少4％v/v的浓度或至少3％v/v的浓度存在于所述组合物中。5.如权利要求1至4所述的组合物，其中所述拥挤剂在20℃下具有小于或等于5mPa/s、小于或等于4mPa/s、小于或等于3mPa/s、小于或等于2mPa/s或者小于或等于1mPa/s的粘度概况。6.如权利要求1至5所述的组合物，其中所述拥挤剂为在20℃下具有小于或等于3mPa/s的粘度的PEG。7.如权利要求1至6所述的组合物，其中所述拥挤剂为具有3千道尔顿的分子量的PEG，并且其中所述PEG浓度为6.5％v/v。8.如权利要求1所述的组合物，其中所述寡核苷酸探针包含缺少将所述离去基团连接至所述寡核苷酸的碱基的dR-O-[C]n核苷酸。9.如权利要求1所述的组合物，其中所述核酸酶为甲酰胺基嘧啶DNA糖苷酶。10.如权利要求1至9所述的组合物，其中所述具有双半抗原的寡核苷酸探针在所述寡核苷酸探针与互补核苷酸序列杂交时由甲酰胺基嘧啶DNA糖苷酶裂解，释放所述双半抗原离去基团。11.如权利要求1所述的组合物，其中所述双半抗原离去基团包含两个具有不同表位的免疫原性基团。12.如权利要求11所述的组合物，其中所述免疫原性基团包括荧光基团、酶或其片段、肽或其片段、生物素。13.如权利要求12所述的组合物，其中所述免疫原性基团选自包括生物素、荧光素、地高辛或二硝基苯基的组。14.如权利要求1所述的组合物，其中所述寡核苷酸探针能够由核酸外切酶裂解，并且其中所述寡核苷酸在裂解时释放所述双半抗原离去基团。15.如权利要求14所述的组合物，其中所述核酸外切酶为核酸外切酶III。16.如权利要求14所述的组合物，其中所述寡核苷酸探针具有结构5'X(n)aL(n)bH(n)cB3'，其中n为核苷酸，a、b和c为整数，X为5'己基，H为THF残基，B为C3间隔子，并且L为包含多个半抗原的支链修饰子。17.如权利要求16所述的组合物，其中所述半抗原选自由DNP、FAM和生物素组成的组。18.如权利要求16所述的组合物，其中所述寡核苷酸探针包含介于所述半抗原之间的2CN111201328A权利要求书2/5页硫代磷酸酯键。19.如权利要求16所述的组合物，其中所述C3间隔子为丙醇。20.一种组合物，所述组合物包含：其中R为OH或-NH(CH2)6OH。21.一种组合物，所述组合物包含：其中R为OH或-NH(CH2)6OH。22.一种组合物，所述组合物包含：其中DMTr为二甲氧基三苯甲基。23.一种组合物，所述组合物包含：3CN1112