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突破R内存瓶颈的若干技术.pdf

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突破R内存瓶颈的若干技术 寇强 kouqiang@mail2.sysu.edu.cn 华南统计科学研究中心 2014年5月25日 .................... .................... 寇强(华南统计科学研究中心)突破R内存瓶颈的若干技术2014年5月25日1/44 自我介绍 寇强 微博：@Gossip_useR 华南统计科学研究中心成员 信息学博士在读（博一），串联质谱的数据分析和软件开发 生物本科，大三开始自学编程 .................... .................... 寇强(华南统计科学研究中心)突破R内存瓶颈的若干技术2014年5月25日2/44 干货时间 .................... .................... 寇强(华南统计科学研究中心)突破R内存瓶颈的若干技术2014年5月25日3/44 相关技术和实现 Hashing Idigest:createcryptographichashdigestsofRobjects Memoization Imemoise:memoisefunctions IR.cache:fastandlight-weightmemorizationofobjectsandresults Key/valuestorage IstashR:asetoftoolsforadministeringsharedrepositories Ifilehash:simplekey-valuedatabase Icacher:toolsforcachinganddistributingstatisticalanalyses Disk Ibigmemory:sharedmemoryandmemory-mappedfiles ISOAR:memorymanagementinRbydelayedassignments Iff:memory-efficientstorageoflargedataondiskandfastaccess Imvbutils:workspaceorganization,codeanddocumentationediting Itrack:trackobjects Database Idplyr:agrammarofdatamanipulation I SciDB:RinterfacetoSciDB.................... .................... 寇强(华南统计科学研究中心)突破R内存瓶颈的若干技术2014年5月25日4/44 相关技术和实现 Hashing Idigest:createcryptographichashdigestsofRobjects Memoization Imemoise:memoisefunctions IR.cache:fastandlight-weightmemorizationofobjectsandresults Key/valuestorage IstashR:asetoftoolsforadministeringsharedrepositories Ifilehash:simplekey-valuedatabase Icacher:toolsforcachinganddistributingstatisticalanalyses Disk Ibigmemory:sharedmemoryandmemory-mappedfiles ISOAR:memorymanagementinRbydelayedassignments Iff:memory-efficientstorageoflargedataondiskandfastaccess Imvbutils:workspaceorganization,codeanddocumentationediting Itrack:trackobjects Database Idplyr:agrammarofdatamanipulation ISciDB:RinterfacetoSciDB.................... .................... 寇强(华南统计科学研究中心)突破R内存瓶颈的若干技术2014年5月25日5/44 bigmemory .................... .................... 寇强(华南统计科学研究中心)突破R内存瓶颈的若干技术2014年5月25日6/44 bigmemory 一系列扩展包： bigmemory，bigmemory.sri，bigtabulate，biganalytics synchron