蛋白质抗原的表位分析.doc

有鉴定表位的相关技术和文献。也有一些表位预测软件。一般来说,目前研究主要集中在线性表位上，而构象表位的预测和鉴定方法目前不是很成熟。ﻫ找到一个帖子,楼主可以参考:1、Ｂ细胞表位预测对于多种免疫学研究是必不可少的。针对不同的蛋白,应选择不同的方法。一般来说，蛋白质的C端具有较好的亲水性、表面可及性和柔性，所以是很好的抗原决定簇区域．本课题选用的蛋白质C—末端序列标签都是唯一的、或是其家族中的几个成员所共有的.在人蛋白质中,约81%的蛋白质其Ｃ末端的５个氨基酸残基的小肽是该蛋白质所特有的,制备针对蛋白质C末端小肽的抗体,常常能得到特异性识别该全蛋白的抗体。另外，蛋白的二级结构是B细胞表位计算机预测的重要参数之一,β转角为凸出结构,多出现在蛋白质抗原表面，有利于与抗体结合,较可能成为抗原表位。而α螺旋和β折叠结构规则不易变形，较难结合抗体，一般不作为抗原表位.含有５个以上的氨基酸残基的转角又常称为环(ｌoｏp)．以往的研究表明，蛋白表面的lｏoｐ区可能为功能性抗体的识别位点，特异性好,可及性强.本课题选用的ＨＰO、G—CSF、HSA空间结构已明确,所以直接选择loop区或无规卷曲作为B细胞表位。举例：人Ｐiｆ1基因编码至少两种蛋白亚型,分子量分别为74ｋDa和８0kＤa,与酵母具有高度的同源性，α型和β型Pif1只有C末端不同[２0〉,其余部分完全相同,并且二者的C末端在蛋白数据库中都是唯一的，选择α型和β型的C末端作为Ｂ细胞表位,既满足特异性的需要,也能区分亚型。ﻫGPAＡ1是一种跨膜蛋白,原核表达非常困难，形成包涵体,且包涵体难以溶解和复性。对这一类型的蛋白,非常适合选择其特有的B细胞表位免疫动物,来最终制备识别全蛋白质的抗体。ABCprｅｄ是基于人工神经网络模型的线性B细胞表位预测工具，该系统检验了源于Bcipeｐ数据库的７0０个非冗余B细胞表位和源于Ｓｗｉss-Prot数据库的７00个长度为10~２０个氨基酸的随机选择多肽，准确率近66%。Bｅpiｐred结合隐马尔科夫模型和亲水性参数评分预测线性B细胞表位,ＡROC评分达到０.671。将两种预测方法得到的预测结果进行比较,其共有的预测表位是真正Ｂ细胞表位的几率更大,如果能进一步结合蛋白质二级结构预测结果，就可以选出可信度更高的B细胞表位。如何选择有效的B细胞表位是能否实现无完整蛋白质抗原条件下抗体制备的关键.2、对于B细胞表位的选择，对于已有空间结构信息的蛋白质抗原，直接选择蛋白分子表面的lｏop区或无规卷曲区域的小肽序列作为候选B细胞表位；对于缺乏空间结构信息的蛋白质抗原,需要根据蛋白质抗原的特点具体分析。若蛋白质抗原C末端的序列亲水性好,可以选择C末端的６～1０个氨基酸的序列作为候选B细胞表位，并且最好该序列为该蛋白质所特有;也可采用B细胞表位预测程序进行分析,选择不同程序预测的共有B细胞表位；对于同源性很高的家族蛋白,根据序列比对结果选择差异较大的区域，并且所选序列应该符合Ｂ细胞表位的特征.基于以上原则,本实验选择了１0个蛋白的14个表位,并对其中的12个表位进行了验证。ﻫ3、对于B细胞表位的选择,ﻫ(1)对于空间结构已知的蛋白质，直接选择蛋白分子表面的lｏop区或无规卷曲区域的小肽序列．ﻫ(2）对于空间结构未知的蛋白质，可采用以下策略进行选择：ﻫＡ：若蛋白质C末端序列的亲水性好，可以选择Ｃ末端的６~１0氨基酸的序列作为候选B细胞表位,最好该序列为该蛋白质所特有。可采用SIBBLＡＳTNｅtworkＳｅｒｖiｃｅ(ＨYPERLINK”hｔｔp:/／ｗww。expasy。ch／toｏls/blast/”\t＂_blank”httｐ://ｗwｗ。exｐasy.ｃh/tooｌs／blast/）的BLAST软件进行比对，数据库选择homｏｓaｐｉｅns;B:采用Ｂ细胞表位预测程序AＢCpreｄ和BepiPred等进行表位预测,选择不同程序预测的共有B细胞表位；ﻫC:对于同源性很高的蛋白质,首先根据序列比对结果选择差异较大的区段，并且所选序列应该符合B细胞表位的特征。ﻫ4、二级结构预测分别应用EX—ＰASY服务器(htｔp：/／ｗｗw.expasy。orｇ／tools)上的GOR4［4＞、HNＮ(HieｒarｃｈicalNeuralNｅtwｏｒkmeth—ｏd）、ＳOPMA、nnPredict［UｎivｅrsｉｔyofCaｌiforｎiaａtSanFrancisco（ＵCSF）〉等方法。ﻫ亲水性、柔韧性、表面可能性和抗原表位预测应用ＤNＡstａr软件的子程序Ｐroteaｎ，采用Hoｐｐ-Wooｄs和Ｋyｔe－Dooliｔtｌe方案预测氨基酸的亲水性[5,6〉,采用Ｋarｐｌｕs—Scｈuｌtz和Emiｎi方案预测柔韧性及表面可能性［7,8>，采用Jamｅｓｏn－