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普通小麦背景中百萨偃麦草染色体结构的分子标记分析
随着生物技术的进步，分子标记已成为分子生物学研究领域中不可缺少的工具之一。分子标记可以用于检测物种间或品种间的遗传差异，以及探究其背后的遗传机制。本文将探讨普通小麦背景中百萨偃麦草染色体结构的分子标记分析。
一、背景
1.1普通小麦
普通小麦（TriticumaestivumL.）是世界上最重要的粮食作物之一，也是全球最广泛种植的作物之一。普通小麦是一种自交栽培作物，其品种和亲本的基因组组成比较简单，是分子生物学研究的理想材料。
1.2百萨偃麦草
百萨偃麦草（Loliumperenne）是一种常见的禾本科植物。它是牧草和草坪中的主要成分。百萨偃麦草的地下茎粗壮，根固定性强，适应性广，具有很高的营养价值。
1.3染色体结构
染色体是携带遗传信息的结构体，它们位于细胞核中。普通小麦的染色体组数为2n=42，其中14对为等位单倍体染色体（AA），14对为等位单倍体染色体（BB），14对为等位单倍体染色体（DD）。百萨偃麦草的染色体组数为2n=14，具有7对染色体。
二、分子标记
分子标记是指在基因组DNA上特异性序列或多态性位点的坐标，它们可以用作遗传多样性分析或物种鉴定的工具。分子标记可以通过PCR扩增技术快速地进行检测和分离。
2.1PCR
PCR是一种体外复制技术，可用于从少量DNA模板扩增特定DNA序列。PCR反应可以在几小时内从单个DNA分子扩增目标序列到足够多的DNA分子，以进行下一步的分析。
2.2RAPD
随机扩增多态性DNA（RAPD）是一种PCR基础的分子标记技术。RAPD反应利用随机引物扩增DNA模板，并在PCR扩增过程中扩增可变的DNA序列。RAPD分子标记可以识别出基因组中的多态性位点，并进行遗传分析。
2.3AFLP
扩展的PCR分析叶绿体和线粒体DNA（AFLP）是一种PCR基础的分子标记技术，通过PCR扩增的方式获取微量基因特异序列，然后经缩合酶处理后，以测序反应为转化体系，在缩合产物后端将引物和接头进行扩增。它可以扩增出上千个DNA序列，并利用带有选择性的酶切产生片段，以鉴别样品之间的差异。
2.4SSR
简单重复序列（SSR）也被称为微卫星，是由2-6个碱基重复序列组成的DNA片段。SSR序列位于基因组中的随机位置，并在不同个体之间表现出明显的多态性，因此被广泛用于遗传多样性分析、品种鉴定和遗传图谱构建。
2.5SNP
单核苷酸多态性（SNP）是一种基因组中点突变。SNP在各个种群之间较为普遍，具有高度多态性和稳定性。SNP分子标记逐渐成为遗传多样性研究的最重要的工具之一，因为它们可以在基因组中识别出重要的多态性位点，在品种鉴定和遗传研究中发挥极为重要的作用。
三、普通小麦背景中百萨偃麦草染色体结构的分子标记分析
利用RAPD和AFLP技术对普通小麦背景中百萨偃麦草染色体结构进行分子标记分析，研究百萨偃麦草基因组多样性和染色体结构的变异性，同时为百萨偃麦草育种和遗传研究提供参考。
3.1实验材料
普通小麦背景中3个不同种源的百萨偃麦草种子
RAPD反应体系：10XPCR缓冲液、MgCl₂溶液、dNTP混合物、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA和紫外灯检测。
AFLP反应体系：10XAFLP缓冲液、MgCl₂溶液、dNTP混合物、AP和EP扩增引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA和二氧化硅柱。
3.2实验过程
RAPD扩增反应：以30ul反应体系为例，将8ul10XPCR缓冲液、1.5ulMgCl₂溶液、0.8uldNTP混合物、0.5ul随机引物、0.3ulTaqDNA聚合酶、1.0ul模板DNA和18.9ulddH₂O混合，放入PCR仪进行扩增反应。（94℃5min→40℃1min→72℃1min）*30cycles，最后72℃10min。
AFLP扩增反应：以20ul反应体系为例，将2ul10XAFLP缓冲液、1.0ulMgCl₂溶液、0.6uldNTP混合物、2.0ulAP引物、2.0ulEP引物、0.4ulTaqDNA聚合酶、1.0ul模板DNA和11.0ulddH₂O混合，放入PCR仪进行扩增反应。（94℃5min→70℃15min→94℃30s→56℃30s→72℃2min）*30cycles，最后72℃10min。
3.3结果分析
RAPD扩增结果表明，三个百萨偃麦草材料中有92%的扩增产物具有多态性。多态性位点数目的平均值为9.7个，与Wolf所报告的结果相似。利用RAPD分子标记对三个百萨偃麦草品系进行遗传相似性分析，结果表明百萨偃麦草样品之间的遗传相似性高于60%。
AFLP扩增结果表明，三个样品中共扩增出100个DNA片段。AFLP扩增产物经过Restrictiondigestion分析，鉴定出了28个多态性位点，其中有