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基于转录组序列的黑果枸杞EST-SSR标记开发
基于转录组序列的黑果枸杞EST-SSR标记开发
摘要：
黑果枸杞（LyciumruthenicumMurr.）是一种重要的经济作物，具有较高的药用和营养价值。为了进一步了解黑果枸杞的遗传多样性和分子标记开发，本研究利用转录组测序技术获取黑果枸杞的转录组序列，并基于这些序列开发了EST-SSR标记。通过总结和分析所开发的EST-SSR标记的特点和应用，为黑果枸杞的种质资源评价、遗传分析和分子育种提供了有力的工具。
引言：
黑果枸杞是在西北地区广泛种植的一种枸杞变种，其种子富含脂肪和多种生物活性物质，具有显著的药用和营养价值。然而，对黑果枸杞的研究还相对较少，尤其是在遗传多样性和分子标记方面的研究。对黑果枸杞转录组进行测序并开发EST-SSR标记，有助于深入了解其基因组结构和遗传多样性。
方法：
本研究采用IlluminaHiSeq平台对黑果枸杞的转录组进行测序，得到了大量的高质量转录组序列数据。利用Trinity软件对原始序列进行拼接和组装，并使用TransDecoder软件预测开放阅读框（ORFs）。随后，使用MISA软件进行SSR标记的挖掘和筛选。
结果与讨论：
通过转录组测序和基因组组装，成功得到黑果枸杞的转录组序列。总共从转录组序列中鉴定出了X个SSR标记，其中包括X个单核苷酸重复（mononucleotiderepeats）、X个双核苷酸重复（dinucleotiderepeats）、X个三核苷酸重复（trinucleotiderepeats）等多种类型的SSR标记。为了验证这些SSR标记的有效性，我们随机选择了50个标记进行PCR扩增，并使用聚丙酰胺凝胶电泳进行分析。结果显示，X个标记在黑果枸杞的遗传背景中显示出了多态性，并显示出了较高的多态信息含量（PIC）。
结论：
本研究通过转录组测序技术成功获取黑果枸杞的转录组序列，并开发了一系列有效的EST-SSR标记。这些标记将为黑果枸杞的种质资源评价、遗传分析和分子育种提供了有力的工具。通过进一步的研究和应用，这些标记有望促进黑果枸杞的遗传改良和遗传资源保护工作。
关键词：黑果枸杞；转录组序列；EST-SSR标记；遗传多样性；分子标记
Abstract:
EST-SSRMarkersDevelopmentBasedonTranscriptomeSequencesofLyciumruthenicumMurr.
LyciumruthenicumMurr.,commonlyknownasblackgoji,isanimportanteconomiccropwithhighmedicinalandnutritionalvalue.InordertofurtherunderstandthegeneticdiversityanddevelopmolecularmarkersforL.ruthenicum,thisstudyutilizedtranscriptomesequencingtechnologytoobtainthetranscriptomesequencesofblackgojianddevelopedEST-SSRmarkersbasedonthesesequences.BysummarizingandanalyzingthecharacteristicsandapplicationsofthedevelopedEST-SSRmarkers,thisstudyprovidesapowerfultoolforgeneticdiversityanalysisandmolecularbreedingofL.ruthenicum.
Introduction:
L.ruthenicumisavariantofLyciumbarbarumwidelycultivatedinNorthwestChina.Itsseedsarerichinfatandvariousbioactivesubstances,exhibitingsignificantmedicinalandnutritionalvalue.However,researchonL.ruthenicumisstillrelativelylimited,especiallyintermsofgeneticdiversityandmolecularmarkers.TranscriptomesequencingandEST-SSRmarkerdevelopmentforL.ruthenicumwouldcontributetoabetterunderstandingofitsgenomestructureandgeneticdiversity.
Methods:
Transcripto