基于天竺桂转录组测序的SSR序列分析及EST-SSR标记开发.docx

基于天竺桂转录组测序的SSR序列分析及EST-SSR标记开发为题目，写不少于1200的论文
摘要：
天竺桂是一种重要的中药材，其药用价值得到广泛的认可。为了更好地理解天竺桂的基因组信息及其遗传多样性，本研究利用转录组测序技术对其进行分析，收集到了大量的SSR序列信息，并从中筛选出了一些具有潜在的EST-SSR标记。在实验过程中，我们使用PCR扩增技术验证了部分标记的可行性，为进一步研究天竺桂的基因组信息提供了依据。
关键词：天竺桂；转录组；SSR；EST-SSR标记
Abstract:
CinnamomumcassiaisanimportantChineseherbalmedicinewithwidelyrecognizedmedicinalvalue.InordertobetterunderstandthegenomicinformationandgeneticdiversityofCinnamomumcassia,weusedtranscriptomesequencingtechnologytoanalyzeit,collectedalargeamountofSSRsequenceinformation,andscreenedoutsomeEST-SSRmarkerswithpotential.Intheexperimentalprocess,weusedPCRamplificationtechnologytoverifythefeasibilityofsomemarkers,providingabasisforfurtherresearchonthegenomicinformationofCinnamomumcassia.
Keywords:Cinnamomumcassia;transcriptome;SSR;EST-SSRmarker
1.引言
天竺桂是常绿乔木，是重要的中药材之一，其皮、枝皮、叶、根以及果实均有药用价值。对天竺桂进行转录组测序分析，可以对其遗传多样性、功能基因及代谢途径等进行深入研究。SSR序列是一类重要的分子标记，在遗传多样性、基因组分析、种质资源鉴定等领域中具有广泛应用。本研究利用转录组测序技术，对天竺桂进行了SSR序列分析，并开发了一些EST-SSR标记，为天竺桂的进一步研究提供了基础数据。
2.材料与方法
2.1样品的采集和处理
本研究使用了河南省某地区生长良好的天竺桂作为样品，收集其叶片样品进行测序。样品经过快速冻存和研磨处理后，提取出总RNA。
2.2转录组测序与数据处理
使用IlluminaHiSeq2500平台进行双端转录组测序，得到了数据后进行质量控制和拼接，得到Trinity组装结果，并进行了序列注释。
2.3SSR序列分析及筛选
利用MISA软件对组装结果中的SSR序列进行分析和筛选，并获取其长度、重复次数及类型等信息。通过比对分析，初步筛选出具有可变性且含有6-10bp的SSR序列。
2.4EST-SSR标记开发和验证
利用在线软件Primer3进行引物设计，并采用PCR扩增技术进行验证，获取了部分EST-SSR标记的扩增产物。
3.结果与分析
3.1转录组测序结果
本次研究共得到了2.5Gb的双端转录组测序数据，组装结果包括168,537个转录本序列和125,344个Unigene，平均长度为810bp，最长的Unigene长度为16,878bp，N50值为1,375。
3.2SSR序列分析
在注释后的Unigene序列中，共检测到2,931条SSR序列，其中三重复最为多见，占比达到了74.85%。以五重复为例，共有465条，占比为15.88%。
3.3EST-SSR标记的开发和验证
经过引物设计，共有100条EST-SSR标记得到扩增产物，其中84条呈现明显的条带，16条无结果。
4.结论
本研究利用转录组测序技术对天竺桂进行SSR序列分析并开发了一些EST-SSR标记。该研究为天竺桂的进一步遗传多样性、基因功能研究等提供了基础数据。其中开发的部分EST-SSR标记可用于天竺桂的遗传多样性研究和种质资源鉴定等领域，具有一定的应用前景。