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基于SSR标记的枇杷遗传多样分析与品种鉴别
摘要
枇杷种质资源在全国范围内十分丰富，然而对于枇杷种质资源的鉴定与管理仍有待提高。本研究采用SSR标记对枇杷的遗传多样性进行分析，同时通过基于SSR标记的DNA指纹图谱进行品种鉴别。结果表明，本研究选取的10个SSR标记方法具有优良的基因多态性和遗传多样性，能够较为准确地反映枇杷的遗传变异情况。同时，通过构建基于SSR标记的DNA指纹图谱可以有效地区分不同枇杷品种，达到了品种鉴别的目的。建议在后续研究中可以采用更多的SSR标记方法进行分析，以进一步提高枇杷遗传多样性研究和品种管理的效果。
关键词：枇杷，SSR标记，遗传多样性，DNA指纹图谱，品种鉴别
Abstract
ThegeneticdiversityanalysisandvarietyidentificationofloquatbasedonSSRmarkersaretheresearchtopicofthispaper.Loquatgermplasmresourcesareabundantnationwide,However,theidentificationandmanagementofloquatgermplasmresourcesstillneedtobeimproved.Inthisstudy,weusedSSRmarkerstoanalyzethegeneticdiversityofloquatandperformedvarietyidentificationthroughDNAfingerprintingbasedonSSRmarkers.Theresultsshowedthatthe10SSRmarkersselectedinthisstudyhaveexcellentgeneticpolymorphismanddiversityandcanaccuratelyreflectthegeneticvariationofloquat.Atthesametime,theconstructionoftheDNAfingerprintingbasedonSSRmarkerscaneffectivelydistinguishdifferentloquatvarieties,achievingthepurposeofvarietyidentification.ItissuggestedthatmoreSSRmarkersshouldbeusedinsubsequentstudiestofurtherimprovetheeffectivenessofloquatgeneticdiversityresearchandvarietymanagement.
Keywords:loquat,SSRmarkers,geneticdiversity,DNAfingerprinting,varietyidentification
引言
枇杷是我国重要的水果树种之一，其香甜可口的果实受到了广泛的欢迎。同时，枇杷还具有良好的观赏价值，是园林绿化、景观美化的重要植物资源。枇杷的种质资源丰富，但鉴定和管理工作不够完善，阻碍了枇杷产业的发展。因此，对枇杷的基因多样性和品种鉴别进行研究具有重要的实际意义。
SSR（SimpleSequenceRepeat）标记是一种基于多态性微卫星序列的分子标记，其特点是易扩增、多态性高、遗传信息量大，被广泛应用于植物遗传多样性和品种鉴别研究中。因此，本研究采用SSR标记对不同地区枇杷品种的遗传多样性进行了分析，并利用构建的基于SSR标记的DNA指纹图谱进行品种鉴别，旨在为枇杷遗传多样性研究和品种管理提供可靠依据。
材料与方法
实验材料
本研究选取了来自五个不同地区的29个枇杷品种（详见附表1），其中包括南方杂交种、北方传统品种和中间型品种等不同类别。
实验设计
采用SSR标记对不同枇杷品种进行遗传多样性分析，选取10个SSR标记进行PCR扩增，扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，根据DNA条带的出现与否构建二元数据矩阵，计算每个SSR标记的多态信息含量和遗传多样性指数。
采用构建的基于SSR标记的DNA指纹图谱进行枇杷品种鉴别。对SSR条带数据进行Nei’s遗传距离计算和UPGMA聚类分析，得到样本间的遗传距离矩阵，并绘制出品种的DNA指纹图谱。采用柯氏定理计算品种鉴别指数（PI），并采用ROC曲线绘制方法评估品种鉴别的准确率和敏感度。
实验步骤
DNA的提取和PCR扩增
本研究选用CTAB法对枇杷新鲜叶片进行DNA的提取。所提取的DNA经过定量后，选取10个SSR引物对其进行扩增。
PCR反应体系总体积为20μL，包含2μL10×PCRBuffer(Mg2+Plus)，1.6μLdNTP(2mM)，0.4μLTaq