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利用SSR标记构建杂交水稻品种DNA指纹数据库
摘要
水稻是我国的主要粮食作物，通过利用杂交育种技术进行优化，增加水稻的产量和耐逆性已经成为了水稻产业发展的重要途径。构建杂交水稻品种的DNA指纹数据库可以为水稻杂交育种提供重要的基础数据，更好地指导水稻育种的研究和实践。本文以ssr技术为基础，在对水稻杂交品种进行分离提取DNA的基础上，利用PCR扩增技术筛选出适用的SSR标记，通过电泳技术对扩增产物进行分离和分析，并对构建出的杂交水稻品种DNA指纹数据库进行初步的分析。结果显示，构建出的水稻品种DNA指纹数据库表现出了良好的多样性和遗传结构，对于进一步的水稻优化育种研究具有很好的应用前景。
关键词：杂交水稻；SSR标记；DNA指纹数据库
Abstract
RiceisamajorfoodcropinChina.Utilizinghybridbreedingtechnologytoincreasetheyieldandstresstoleranceofricehasbecomeanimportantwayforthedevelopmentofriceindustry.ConstructingtheDNAfingerprintdatabaseofhybridricevarietiescanprovideimportantbasicdataforricehybridbreeding,andbetterguidetheresearchandpracticeofricebreeding.Basedonthessrtechnology,thispaperextractedDNAfromhybridricevarieties,screenedsuitableSSRmarkersthroughPCRamplificationtechnology,isolatedandanalyzedtheamplifiedproductsthroughelectrophoresistechnology,andcarriedoutpreliminaryanalysisontheconstructeddatabase.TheresultsshowedthattheconstructedricevarietyDNAfingerprintdatabaseshowedgooddiversityandgeneticstructure,andhadgoodapplicationprospectsforfurtherricebreedingresearch.
Keywords:Hybridrice;SSRmarker;DNAfingerprintdatabase
引言
水稻是全球最主要的粮食作物之一，也是我国的主要粮食作物之一。为了提高水稻的产量和耐逆性，利用水稻杂交育种技术进行优化已经成为了水稻产业发展的重要途径。在水稻杂交育种中，根据水稻品种的遗传背景，利用SSR标记构建水稻品种的DNA指纹数据库，可以很好地辅助水稻育种的研究和实践。
SSR标记，也称微卫星标记，是目前分子标记中最常用的一种。SSR标记受到DNA多态性影响，其在不同品种之间的长度不同。利用PCR扩增技术将SSR标记扩增出来后，通过电泳技术进行分离和分析，就可以得到一个DNA指纹图谱，进而可以对水稻品种进行鉴定和分析。因此，基于SSR标记构建水稻品种DNA指纹数据库，可以为水稻育种提供重要的基础数据，指导相关育种研究和实践，具有非常重要的意义。
本文将以ssr技术为基础，利用PCR扩增技术和电泳分析技术，对水稻杂交品种的DNA指纹进行构建，并通过初步分析，对构建出的杂交水稻品种的DNA指纹数据库进行评估和分析。
材料与方法
1.实验材料
本实验选取了5个水稻杂交品种作为样品。
2.实验方法
2.1DNA分离提取
从杂交水稻幼苗中分离提取基因组DNA，提取方法使用万利达植物基因组DNA提取试剂盒进行。
2.2SSR标记筛选和PCR扩增
通过参考NCBI数据库中的SSR序列信息，筛选适合杂交水稻品种的SSR标记。设计引物并进行PCR扩增，反应体系为：2×TaqMasterMix12.5μl、模板DNA2μl、引物1(10μM)1μl、引物2(10μM)1μl、ddH2O8.5μl。PCR反应条件如下：95℃预变性10min；95℃变性1min、Tm值60℃退火1min、72℃延伸1min，共30°Cycles；72℃终止延伸5min。PCR反应结束后，进行电泳分析。
2.3电泳分析和数据分析
使用2%琼脂糖凝胶进行电泳分析，分离出PCR反应产品。电泳条件为：电压120V，电泳时间约45min，Gel-Red染料染色后，使用GelDocXR成像系统分析结果。对数据进行初步的分析和评估。
结果
1.PCR扩增反应