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银杏叶片长链非编码RNA的鉴定和分析的任务书
任务书
任务名称：银杏叶片长链非编码RNA的鉴定和分析
任务来源和背景：
长链非编码RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA，在基因转录和表达、细胞生长、分化、凋亡、信号转导和疾病等方面发挥重要作用。银杏（Ginkgobiloba）是世界上最古老、生命力最顽强的植物之一，其具有广泛的药用价值，可用于缓解神经系统疾病、促进血液循环、增强免疫力等。研究银杏中lncRNA的鉴定和功能研究，对深入了解银杏的基因调控机制和生理功能，进一步挖掘和发掘其药用价值具有重要的意义。
任务内容和方法：
1.银杏样品采集和总RNA提取：从银杏叶片中提取总RNA，评估RNA的完整性和质量。
2.转录组测序：对银杏叶片RNA进行转录组测序，获取高质量的RNA测序数据。
3.数据预处理：对测序数据进行质控、去除接头污染、过滤低质量的序列。
4.lncRNA鉴定：通过比对转录组测序数据和注释基因组，利用软件工具如CPC、CPAT、Pfam、Cufflinks等鉴定出银杏中的lncRNA并进行分类和注释。
5.lncRNA功能预测：根据编码潜能和保守性等特征，预测银杏lncRNA的功能，并进行GO和KEGG富集分析，了解其功能和调控通路。
6.lncRNA表达差异分析：比较多个组织和不同发育阶段、胁迫处理的银杏叶片lncRNA表达差异，鉴定不同表达的lncRNA，并预测其调控机制，探究其在生长和发育、逆境响应等方面发挥的作用。
7.lncRNA与miRNA、基因交互网络分析：根据银杏中已知的miRNA、转录因子和基因注释信息，预测银杏lncRNA与miRNA、基因的相互作用关系，构建相应的生物信息学网络，揭示银杏lncRNA在基因调控和信号转导中的作用。
8.结果分析和解释：对鉴定的银杏lncRNA进行深入分析和解释，并提供可靠的结果和初步结论。
任务成果：
本研究将通过RNA测序技术鉴定银杏叶片中的lncRNA，进行分类和注释，并预测其功能和调控机制。同时，比较分析多个组织和不同发育阶段、胁迫处理的银杏叶片lncRNA表达差异，了解其在生长和发育、逆境响应等方面发挥的作用，并探究其在基因调控和信号转导中的作用。最终提供可靠的结果和初步结论，为深入了解银杏的基因调控机制和生理功能，发掘其药用价值提供重要的参考。
任务执行时间：3个月
任务经费预算：10万元
任务执行单位：xx大学生命科学学院
任务负责人：xx教授
任务执行人员：本研究室博士生3人
参考文献：
1.WangK,etal.Longnon-codingRNA:anewplayerincancer.JournalofHematology&Oncology,2011,4:5.
2.YangL,etal.Longnon-codingRNAanditspotentialfunction.ActaBiochimBiophysSin,2011,43(5):357-367.
3.TsaiMC,etal.LongnoncodingRNAasmodularscaffoldofhistonemodificationcomplexes.Science,2010,329(5992):689-693.
4.GaoY,etal.Identificationandfunctionalanalysisoflongnon-codingRNAsinhumanandmouseearlyembryosbasedonsingle-celltranscriptomedata.BMCGenomics,2018,19(1):119.
5.ZhangR,etal.Longnon-codingRNAexpressionprofilesinKawasakidiseaseandtheirpotentialrolesinregulatingimmuneresponse.InternationalJournalofMolecularMedicine,2019,43(3):1281-1294.