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大豆长链非编码RNA的鉴定及特征分析的任务书
任务书
任务名称：大豆长链非编码RNA的鉴定及特征分析
任务背景：
长链非编码RNA（lncRNA）是指长度在200bp以上，没有编码蛋白质能力的RNA分子。随着RNA测序技术的发展，越来越多的lncRNA被鉴定出来，并且研究证明它们在转录调控、基因表达调控和疾病发生发展等方面具有重要的作用。大豆是重要的经济作物之一，在全基因组水平上鉴定和分析大豆的lncRNA，对于深入理解大豆基因组结构和转录组的特点，开发大豆遗传资源，提高大豆产量和品质具有重要意义。
任务内容：
本次任务旨在鉴定和分析大豆长链非编码RNA，具体内容包括以下几个方面：
1.数据收集
从公开数据库如NCBI、Ensembl等下载大豆转录组数据，保证数据来源的可靠性和数据的完整性。
2.lncRNA鉴定
使用基因组注释信息和转录组数据对大豆lncRNA进行鉴定。可采用多种软件如CPC2、Pfam、CNCI、CPAT、RNACODE、TRANSFAC等，综合考虑转录本长度、编码概率、保守性等多种因素进行鉴定。
3.lncRNA特征分析
根据鉴定结果对大豆lncRNA的序列结构、编码能力、生物学功能等进行特征分析。如比较lncRNA和RNA结构域的相似性、预测可能的RNA二级结构、分析lncRNA与蛋白质相互作用等。此外，也可以进行生物学过程和通路分析，如调控转录后修饰、介导表观遗传调控等功能分析。
4.结果解读和报告撰写
根据分析结果对大豆lncRNA的基因组和转录组特点进行深入解读。将分析结果整理成详细的报告，包括lncRNA的鉴定流程、数据分析结果、相关文献附注、结论和意义等。
任务成果：
1.lncRNA鉴定结果汇总表，包括序列长度、位置、编码概率、保守性等信息。
2.lncRNA的序列结构、编码能力、生物学功能的特征分析结果表。
3.大豆lncRNA相关的生物学过程和通路分析报告。
4.lncRNA鉴定及特征分析报告，包括分析流程、鉴定结果、相关文献附注、结论和意义等。
任务要求：
1.熟练掌握RNA测序和生物信息学分析技术，了解lncRNA的基本特征和生物学功能。
2.精通RNA测序分析软件和数据分析工具，如CPC2、Pfam、CNCI、CPAT、RNACODE、TRANSFAC等。
3.具有一定的文献检索和科研写作能力，能够准确分析和理解相关文献。
4.良好的团队合作能力和沟通能力，能够配合完成任务。
任务参考文献：
1.GaoY,WangJ,ZhaoF.CIRI:anefficientandunbiasedalgorithmfordenovocircularRNAidentification.GenomeBiol.2015;16(1):4.
2.LiJH,LiuS,ZhouH,QuLH,YangJH.starBasev2.0:decodingmiRNA-ceRNA,miRNA-ncRNAandprotein-RNAinteractionnetworksfromlarge-scaleCLIP-Seqdata.NucleicAcidsRes.2014;42(Databaseissue):D92-97.
3.KongL,ZhangY,YeZQ,etal.CPC:assesstheprotein-codingpotentialoftranscriptsusingsequencefeaturesandsupportvectormachine.NucleicAcidsRes.2007;35(WebServerissue):W345-349.
4.SunL,LuoH,BuD,etal.Utilizingsequenceintrinsiccompositiontoclassifyprotein-codingandlongnon-codingtranscripts.NucleicAcidsRes.2013;41(17):e166.