猪流感病毒感染A549细胞的亚细胞蛋白组分析的任务书.docx

猪流感病毒感染A549细胞的亚细胞蛋白组分析的任务书
任务书
一、任务背景
猪流感病毒是一种可导致人类和动物发病的流感病毒。在过去的几十年中，猪流感病毒已经引起了全球性的流行，严重影响了人类和动物的健康。研究猪流感病毒感染的细胞亚细胞蛋白组成，能够更深入地了解猪流感病毒的感染机制和致病原理，为控制和治疗相关疾病提供依据。
二、研究任务
本研究旨在分析猪流感病毒感染A549细胞后，细胞亚细胞蛋白组成的变化情况。具体任务如下：
1.收集猪流感病毒感染A549细胞的实验数据，包括细胞采样、RNA提取和质谱数据。
2.对RNA测序数据进行质量控制和数据预处理。
3.利用质谱技术鉴定A549细胞的蛋白质组成，包括基础蛋白组分和研究组分。
4.对猪流感病毒感染A549细胞前后的细胞亚细胞蛋白组成进行比较分析，筛选出显著变化的蛋白质组分。
5.对显著变化的蛋白质组分进行功能注释和通路分析。
6.分析研究结果，探究猪流感病毒感染A549细胞时的分子机制和致病过程，提出下一步的研究方向和具体措施。
三、研究方法
1.实验材料和设备
材料：A549细胞、DMEM培养液、FBS、PBS、细胞解提液、蛋白酶抑制剂、猪流感病毒strains。
设备：植物培养箱、高速离心机、冰箱、PCR仪、扫描电镜、质谱仪。
2.实验步骤
（1）A549细胞的培养和猪流感病毒感染
①A549细胞的培养：
将A549细胞在DMEM培养液中培养，添加10%的FBS，维持在37℃、5%的CO2气氛下生长，直至细胞密度达到足够的量。
②猪流感病毒感染：
将A549细胞接种到96孔板中，猪流感病毒strains用适当的浓度（MOI）感染A549细胞，根据实验需要进行不同的时间段的感染，收集每个时间节点的细胞样本。
（2）RNA提取和定量
将A549细胞经过猪流感病毒的感染后，收集细胞样本，提取总RNA，利用NanoDrop浓度计检测RNA的质量和浓度。
（3）蛋白质质谱实验
将细胞样品中的蛋白质清洗、还原、适度消化过滤，获得被肽段峰包围的高可信度信号。通过LC-MS/MS技术分析质谱数据，获取A549细胞在猪流感病毒感染前后的蛋白质组成。
（4）数据分析和挖掘
①RNA测序数据的质量控制和处理：
利用Trimmomatic软件进行过滤和去除低质量序列。用Hisat2软件将剪切处理后的Fastq文件比对到人类基因组上。
②蛋白质组学数据的分析和挖掘
使用PeptideProphet和iProphet软件对蛋白质组学数据进行谱图鉴定。运用Trans-ProteomicPipeline（TPP）对数据进行后处理，筛选出不同表达的蛋白质样本。使用Perseus(Version1.5.0.15)软件进行生物信息学数据挖掘和通路分析。
四、研究意义
本研究将为更好地了解猪流感病毒的分子机制和致病过程提供依据，为猪流感病毒感染的治疗和控制提供新思路和方法。同时，也将为药物研究和开发提供有价值的理论支撑。