转录组测序技术原理和应用专题培训课件.ppt

转录组测序技术原理和应用遗传的中心法则什么是转录组？测序技术WorkflowofRNA-SeqTotalRNA样品检测检测报告-合格样品检测报告-不合格样品WorkflowofRNA-Seq真核mRNA的纯化原核mRNA的纯化mRNA反转录---fragment+RT末端修复(防止自连）

cDNA3′末端加A

Adapter连接第一天WorkflowofRNA-SeqApplicationRNA-Seq(Transcriptome)WorkflowofRNA-Seq(Transcriptome)RNA-Seq(Transcriptome)RNA-Seq
(Denovotranscriptomeassembly)Denovoassembleatranscriptome组装流程数据产出统计及测序数据的成分和质量评估
组装结果分析（Contig长度分布、Scaffold长度分布、Unigene长度分布）
Unigene（transcript）功能注释
Unigene的GO分类
Unigene代谢通路分析
预测编码蛋白框（CDS）
Unigene表达差异分析（两个或两个以上样品）
Unigene在样品间的差异GO分类（需两个或两个以上样品）和Pathway富集性分析Denovoassemblytranscriptome信息分析流程Unigenes的GO注释Pathway分析RNA-Seq
(Transcriptomeresequencing)Transcriptomeresequencing比对流程比对统计
基因表达注释
基因差异表达分析
基因结构优化
可变剪接分析
预测新转录本
cSNP分析Transcriptomeresequencing信息分析流程应用---优化转录组注释信息Genomicintergenicregion鉴定可变剪接（AlternativeSplicing）鉴定基因融合分析RNA水平SNP36转录组测序的优势GenomeRes20101.Highlight2.Heat3.Cold4.Salt5.Drought外包膜蛋白16(AT2G28900)AS调节机制RNA-Seq单端测序
（Quantification）

等同于数字表达谱(DGE)WorkflowofRNA-Seq单端测序（Quantification）RNA-Seq单端测序（Quantification）
生物信息分析内容RNA-Seq单端测序（Quantification）信息分析流程RNA-Seq与基因芯片优缺点比较case表二reads在基因组上的分布情况浆果发育三个阶段共有、特有基因表达分布图表达簇的分类分布情况RNA-Seq对浆果标记基因的验证RNA-Seq结果与RT-PCR具有高度一致性That’sall,thankyou!