转录组测序技术原理及应用.ppt

RNA测序技术原理及应用遗传的中心法则什么是转录组？测序技术WorkflowofRNA-SeqTotalRNA样品检测检测报告-合格样品检测报告-不合格样品WorkflowofRNA-Seq真核mRNA的纯化原核mRNA的纯化mRNA反转录---fragment+RT末端修复(防止自连）cDNA3′末端加AAdapter连接第一天WorkflowofRNA-SeqApplicationRNA-Seq(Transcriptome)WorkflowofRNA-Seq(Transcriptome)RNA-Seq(Transcriptome)RNA-Seq(Denovotranscriptomeassembly)Denovoassembleatranscriptome组装流程数据产出统计及测序数据的成分和质量评估组装结果分析（Contig长度分布、Scaffold长度分布、Unigene长度分布）Unigene（transcript）功能注释Unigene的GO分类Unigene代谢通路分析预测编码蛋白框（CDS）Unigene表达差异分析（两个或两个以上样品）Unigene在样品间的差异GO分类（需两个或两个以上样品）和Pathway富集性分析Denovoassemblytranscriptome信息分析流程Unigenes的GO注释Pathway分析RNA-Seq(Transcriptomeresequencing)Transcriptomeresequencing比对流程比对统计基因表达注释基因差异表达分析基因结构优化可变剪接分析预测新转录本cSNP分析Transcriptomeresequencing信息分析流程应用---优化转录组注释信息Genomicintergenicregion鉴定可变剪接（AlternativeSplicing）鉴定基因融合分析RNA水平SNP36转录组测序的优势GenomeRes20101.Highlight2.Heat3.Cold4.Salt5.Drought外包膜蛋白16(AT2G28900)AS调节机制RNA-Seq单端测序（Quantification）等同于数字表达谱(DGE)WorkflowofRNA-Seq单端测序（Quantification）RNA-Seq单端测序（Quantification）生物信息分析内容RNA-Seq单端测序（Quantification）信息分析流程RNA-Seq与基因芯片优缺点比较case表二reads在基因组上的分布情况浆果发育三个阶段共有、特有基因表达分布图表达簇的分类分布情况RNA-Seq对浆果标记基因的验证RNA-Seq结果与RT-PCR具有高度一致性That’sall,thankyou!