大熊猫西氏贝蛔虫基因组及发育转录组测序分析研究的任务书.docx

大熊猫西氏贝蛔虫基因组及发育转录组测序分析研究的任务书
任务书
一、题目
大熊猫西氏贝蛔虫基因组及发育转录组测序分析研究。
二、研究背景
大熊猫是世界上知名度极高的保护动物之一，而伴随着它们的生境范围的不断缩小，感染寄生虫的情况也越来越普遍。其中，西氏贝蛔虫是大熊猫体内常见的寄生虫之一，能够影响大熊猫的健康状况，因此对该寄生虫的研究具有重要意义。
目前，虫体基因组及转录组测序已成为揭示生物形态、生理和分子生物学机制的主要方法之一。因此，本研究拟对大熊猫身体内寄生的西氏贝蛔虫进行基因组和发育时期转录组的测序分析，以期获得更多对该寄生虫的认识。
三、研究内容
1.西氏贝蛔虫基因组测序分析
（1）虫体DNA提取及测序准备
（2）基因组测序及数据处理
（3）基因组注释和分析
2.西氏贝蛔虫发育时期转录组测序分析
（1）虫体RNA提取及测序准备
（2）转录组测序及数据处理
（3）获得转录组拼接序列
（4）转录组注释和分析
四、技术路线
基于IlluminaHiSeq平台进行西氏贝蛔虫基因组和转录组的测序，流程如下：
1.DNA留样–样品配对–DNA提取–DNA质检–DNA文库构建–样品测序–小片段拼接–基因组序列组装–基因组序列注释和分析。
2.RNA留样–RNA提取–RNA质检–RNA文库构建–单端测序、双端测序（根据测序深度和各生长时期需要）–RNA序列拼接–转录组注释和分析。
五、研究计划
1.DNA提取和质检：3个月
2.DNA文库构建和测序：2个月
3.基因组序列组装：4个月
4.基因组注释和分析：2个月
5.RNA提取和质检：3个月
6.RNA文库构建和测序：2个月
7.转录组序列拼接：3个月
8.转录组注释和分析：2个月
总计：19个月。
六、研究目标
通过对大熊猫身体内寄生的西氏贝蛔虫基因组和发育转录组的测序分析，获得以下目标：
1.获取西氏贝蛔虫基因组和转录组序列，并进行注释和分析。
2.确定西氏贝蛔虫基因序列及调控元件等特征，进一步了解其基因功能以及形态和生理特征。
3.分析西氏贝蛔虫在不同生长时期的转录组表达情况，探究西氏贝蛔虫发育和生存过程中的基础分子机制。
4.为保护大熊猫提供基础信息，为寄生虫防治提供理论支持。
七、研究意义
1.对大熊猫身体内寄生虫的认识更加深入，为下一步对该寄生虫的研究奠定基础。
2.对寄生虫防治提供相关信息和理论支持，促进大熊猫保护和生态系统健康。
3.丰富熊猫类动物的基础生物学知识，为有关熊猫保护的研究提供基础数据。
4.为寄生虫地理分布和演化的研究提供支持，促进对生物多样性的保护。
八、研究组成
项目组设立4名研究人员，分别承担DNA提取、RNA提取、测序分析以及数据处理等工作。
九、经费预算
本科研项目经费预算为100万元，用于实验设备采购、人员培训、文献阅读、实验耗材购置以及各项实验所需的基础设施和服务费用。其中，人员薪酬占经费总额的40%。
十、论文撰写
研究人员需在项目结束后6个月内完成论文撰写工作，并力争以第一作者身份在SCI/EI核心期刊发表论文。论文题目及撰写人员须事先经过协议确定。