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重要叶螨线粒体基因组与转录组的测序与进化分析的任务书
任务书
一、背景
线粒体是细胞内负责能量产生的重要器官，其基因组大小较小、结构较简单，在进化过程中表现出明显的异质性。其中，叶螨（Tetranychusurticae）是一种广泛分布于全球的危害性较大的草食性害虫，对农业生产造成了很大的危害。近年来，随着技术的不断发展和成本的逐渐降低，高通量测序技术的出现为叶螨线粒体基因组和转录组的研究提供了更多的可能性。
二、任务
1.测序叶螨的线粒体基因组：进行叶螨的基因组测序，重点关注线粒体基因组。并对获得的基因组数据进行清洗、拼接、注释和质量控制。
2.分析叶螨的线粒体基因组序列特征：通过对分析线粒体基因组的序列特征，如基因组大小、基因数、基因组结构、转录起始点和转录终止点等等，对叶螨线粒体基因组进行深入了解，并比较其与其他已知物种的异同。
3.分析叶螨的线粒体转录组：将测序得到的RNA进行数据处理、比对、组装等基础分析，并进行基因注释和差异表达基因筛选等分析，为进一步探究线粒体在生物学和基因组学上的特征提供参考和启示。
4.分析叶螨基因组和转录组在进化中的演化关系：对所分析的数据进行进化分析，以揭示叶螨线粒体基因组和转录组的演化关系。同时比较其与其他物种的共同演化和分化，探寻分子进化的规律和机制。
三、要求
1.应用高通量测序技术获得叶螨线粒体基因组和转录组的数据。
2.对数据进行相关的清洗和分析，得出可靠的比对结果。
3.提供线粒体基因组的序列、物种及基因组特征，标记注释基因和其它结构元件，绘制线粒体基因组结构图并进行详细解读。
4.提供叶螨基因组和转录组的注释信息和差异表达基因列表，并进行注释和差异表达分析。
5.进行基于线粒体基因组和转录组的进化关系分析。
4.并对分析结果进行详细解读，并汇总成报告。
四、时间节点
任务起止时间：2021年10月至2022年5月
任务节点：
1.线粒体基因组测序及序列分析：2021年10月至2022年1月
2.转录组分析及差异表达基因挖掘：2022年1月至2022年4月
3.进化分析及报告撰写：2022年4月至2022年5月
五、经费
本任务经费共计15万元，具体经费明细如下：
1.基因组测序费用：5万元
2.分析软件及数据库使用费用：3万元
3.研究人员工资及劳务费用：6万元
4.实验室相关费用：1万元
六、研究成果
1.通过测序和分析叶螨线粒体基因组和转录组，提供重要的线粒体基因组及转录组信息，并对其进行详细解读和分析。
2.提供线粒体基因组和转录组的注释和差异表达信息分析，为叶螨分子生物学研究提供基于基因组水平的研究参考。
3.揭示叶螨基因组和转录组在分子进化中的演化关系，为相关物种间的进化关系和分化提供参考和思考。
4.发表论文，并取得学术和经济效益。
七、总结
本研究是对叶螨基因组和转录组的深入研究，有利于揭示叶螨分子进化的机制，为叶螨及相关害虫生物学的研究提供重要的基因组学支持，并为防治农业害虫、保护生态环境提供科学依据和技术支持。