朱鹮基因组BAC文库及MHC基因组精细物理图谱的构建的任务书.docx

朱鹮基因组BAC文库及MHC基因组精细物理图谱的构建的任务书
任务书
项目名称：朱鹮基因组BAC文库及MHC基因组精细物理图谱的构建
项目背景
朱鹮（Rhinopastyxp.sinensis）是世界上最濒临灭绝的大型鸟类之一，仅分布于中国境内。为了保护朱鹮这一珍稀物种，需要了解其基因组结构和MHC基因组信息。因此，本项目旨在构建朱鹮基因组BAC文库和MHC基因组精细物理图谱。
项目目标
1.构建朱鹮基因组BAC文库：收集朱鹮细胞样本，制备高质量的BAC文库；
2.构建MHC基因组的精细物理图谱：以BAC文库为基础，利用双色荧光原位杂交技术和高通量测序技术，确定MHC基因群的位置和分布。
3.基于朱鹮基因组BAC文库和MHC基因组精细物理图谱，分析朱鹮基因组结构和MHC基因组信息。
任务分解
任务1：采集朱鹮样本并制备高质量BAC文库
1.1采集朱鹮样本：选择适宜时间和地点，采集朱鹮的细胞样本（如血液、肌肉、皮肤等）。
1.2制备高质量BAC文库：应用标准的BAC文库构建技术，制备高质量的朱鹮基因组BAC文库。文库理论覆盖率至少达到6倍，BAC插入片段大小分布均匀，平均大小在100kb以上。
任务2：构建MHC基因组精细物理图谱
2.1确定MHC基因群：利用朱鹮基因组BAC文库中的MHC基因为引物进行PCR扩增，构建MHC基因组的初步框架图谱。
2.2双色荧光原位杂交技术：将MHC基因组的引物标记上荧光染料，并进行双色荧光原位杂交技术，确定MHC基因群的精细物理位置。
2.3高通量测序技术：利用高通量测序技术，对MHC基因群进行深度测序，确定基因序列和基因注释信息。
任务3：分析朱鹮基因组结构和MHC基因组信息
3.1基因组结构分析：利用朱鹮基因组BAC文库和MHC基因组精细物理图谱，对朱鹮基因组的结构特点、基因家族、基因分布和基因密度进行分析。
3.2MHC基因组信息分析：对MHC基因组进行注释和比对，分析MHC基因群的多样性、保守性和进化特点。
项目成果
1.制备高质量的朱鹮基因组BAC文库，为后续研究提供基础支持；
2.精细构建朱鹮MHC基因组物理图谱，揭示其基因组结构特点，为研究朱鹮免疫基因组提供重要参考；
3.分析朱鹮基因组结构和MHC基因组信息，拓展对珍稀物种保护和演化研究的认识。
参考文献：
1.董元.动物分子免疫学：分子生物学视角[J].生命的化学,2015,35(6):630-633.
2.XuH,HeW,JiangXL,etal.IsolationofaBACclonecontainingmajorhistocompatibilitycomplexclassIIBgenesanditsmappinginbamboopartridge(Bambusicolathoracica)[J].Molecularbiologyreports,2013,40(9):5551-5557.
3.揭瑞斌.双色荧光原位杂交技术在基因组研究中的应用[J].黑龙江畜牧兽医,2007,(22):4-6.
4.LiQ,LuL,XuX,etal.Ahigh-qualityAlpinemuskdeergenomeassemblyrevealsthemolecularbasisofmuskproductionandadaptiveevolution[J].NatureCommunications,2020,11(1):1-13.