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三七基因组分析及铁皮石斛基因编辑体系的建立的开题报告
一、研究背景及意义
三七是传统中药材之一，其主要活性成分为三七皂苷。其具有调节血管张力、扩张冠状动脉、抗炎、抗病毒、抗菌等功效，因此被广泛应用于临床。铁皮石斛是另一种重要中药材，其主要活性成分为多糖和皂苷。该药材有明显的免疫调节、抗氧化、抗炎及抗肿瘤等功效，因此在中药领域应用广泛。
近年来，基因组学技术的快速发展为药材研究带来了全新的思路。通过基因组学研究可以识别重要基因、鉴定特异DNA序列、快速建立分类树等。同时，基于CRISPR/Cas9的基因编辑技术也为药材研究提供了很好的平台，可以精准、快速地改造药材中的关键基因，进而提高药材的活性成分含量和药效。
因此，本研究将利用基因组分析技术和CRISPR/Cas9基因编辑技术，分别对三七和铁皮石斛的基因组进行分析和编辑，以期实现对这两种药材的重大基础研究和应用开发。
二、研究内容及方法
1.三七基因组分析
（1）对三七品种进行遗传多样性分析，并鉴定特异DNA序列。采用IlluminaHiSeq2500高通量测序技术，基于得到的数据进行遗传多样性分析，并结合序列比对和注释方法，筛选出具有物种特异性、生物学功能和重要调控作用的DNA序列；
（2）对重要基因进行鉴定和克隆。利用PCR扩增技术，获取主要活性成分合成相关酶基因、信号转导通路基因、转录因子基因等，建立基因序列库；
（3）应用CRISPR/Cas9基因编辑技术，对选定基因进行编辑，探究不同基因的编辑对活性成分含量的影响，以期找到调节三七药效的关键基因。
2.铁皮石斛基因编辑体系的建立
（1）寻找合适的体外培养方式，建立外植体再生体系；
（2）设计并化学合成sgRNA，确定编辑靶点；
（3）构建CRISPR/Cas9载体；
（4）将构建好的CRISPR/Cas9载体转化到外植体组织中；
（5）筛选编辑成功的外植体组织，进行检测，验证编辑效果。
三、研究预期成果
1.三七基因组分析
（1）确定三七品种遗传多样性情况，筛选出具有重要药用功效的特异DNA序列；
（2）鉴定与主要活性成分合成相关的基因，建立基因序列库；
（3）找到调节三七主要活性成分含量的关键基因，为探索三七药理机制提供理论基础。
2.铁皮石斛基因编辑体系的建立
（1）建立铁皮石斛外植体再生体系，为后续基因编辑提供外植体材料；
（2）成功构建CRISPR/Cas9编辑系统，实现对铁皮石斛重要基因的编辑；
（3）验证编辑效果，为后续铁皮石斛药效成分含量提高研究提供理论依据和实验支持。
四、进度安排
本研究计划分为两年完成，预计进度安排如下：
第一年：三七基因组分析
1-6月：收集三七样品，进行DNA提取和测序；
7-12月：对测序数据进行分析，鉴定重要基因，建立基因序列库。
第二年：铁皮石斛基因编辑体系的建立
1-6月：建立铁皮石斛外植体再生体系；
7-12月：构建CRISPR/Cas9载体，并进行基因编辑，验证编辑效果。
五、预期贡献
本研究预期通过对三七和铁皮石斛基因组的分析和编辑，找到调节药效成分含量的关键基因和关键调控途径，为进一步探究三七和铁皮石斛药理机制提供理论基础。同时，通过铁皮石斛基因编辑体系的建立，实现对铁皮石斛重要基因的编辑，为提高其药效成分含量和药效提供实验支持和理论依据。本研究的结果有望推动中药研究的发展，为研究中药药效成分提供新思路和新方法。