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油菜灌浆期种子和角果皮基因表达差异及相关基因的功能分析的中期报告
为解决油菜灌浆期种子和角果皮基因表达差异及相关基因的功能问题，本研究进行了中期报告。
一、实验设计
选取灌浆期油菜的种子和角果皮作为研究材料，通过RNA测序分析两者基因表达差异，并通过qRT-PCR确认。进一步挑选差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。
二、结果分析
1.RNA测序数据清洗和比对结果
经过去除低质量序列和接头污染等处理，得到两组高质量的RNA测序数据。在比对过程中，角果皮和种子均有约80%的reads被比对到Brassicanapus参考基因组上。
2.差异表达基因
比较两组样品的基因表达情况，筛选出显著差异表达的基因。其中，种子中差异表达基因共有721个，其中225个基因上调，496个基因下调；角果皮中差异表达基因共有1254个，其中581个基因上调，673个基因下调。
3.qRT-PCR确认
挑选差异表达基因进行qRT-PCR实验验证，结果表明，RNA-seq和qRT-PCR的结果一致性较高，证明RNA-seq的准确性。
4.基因功能注释和通路富集分析
将差异表达基因进行功能注释和通路富集分析，发现角果皮中下调表达的基因主要涉及苯丙酸代谢通路，而种子中下调表达的基因与碳水化合物代谢、生物合成和激素信号通路相关。
三、结论
通过RNA-seq分析油菜灌浆期种子和角果皮的基因表达差异和通路富集分析，发现两者差异表达基因在代谢通路、生物合成、激素信号传递等方面存在明显差异。这些发现有助于深入了解油菜种子和角果发育机制。