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蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究的中期报告
本研究旨在对蒙古羊进行全基因组测序，并利用转录组分析揭示其抗寒性状的遗传基础。目前已完成蒙古羊的全基因组测序，并进行了相关分析。以下是本研究的中期报告：
一、蒙古羊全基因组测序
通过IlluminaHiSeqX平台对蒙古羊进行了全基因组测序，得到了大约105G的测序数据。使用SOAPdenovo2软件对测序数据进行拼接，最终得到了一个基因组大小约为2.63Gb的结果。
二、基因组注释
利用基因预测软件进行基因注释，共预测出了蒙古羊的21,670个基因。利用比对软件BLAST将蒙古羊基因组与其他动物的基因组进行比对，发现共有14,754个基因与至少一种已知基因对应。
三、转录组分析
为了揭示蒙古羊抗寒性状的遗传基础，利用RNA-seq技术对冬季和夏季两个季节的蒙古羊心肌组织和肝脏组织进行转录组测序。经过质量控制和过滤，得到了大约731,695,324个有效的Illumina读取，总体覆盖率为95.67%。
利用Trinity软件对转录组测序数据进行组装，得到了156,121个unigenes。通过序列比对和已知功能基因的注释，总共有84,912个unigenes被注释。
四、下一步工作
当前，我们正在对获得的基因组与转录组数据进行系统的基因表达谱分析，以及差异基因筛选和功能注释等工作。我们将深入挖掘蒙古羊抗寒性状的遗传基础，为蒙古羊的选育和繁殖提供科学依据。