基于全基因组重测序进行藏羊选择信号分析的开题报告.docx

基于全基因组重测序进行藏羊选择信号分析的开题报告
一、选题背景
藏羊是我国珍贵的畜种资源之一，也是中国西部地区的重要畜牧业品种。但是由于长期的自然选择和人工改良，在藏羊品种中可能存在一些遗传顶点或选择信号，这些基因可能与藏羊在极端环境中的适应性和优良性状相关联。因此，基于全基因组重测序对藏羊进行选择信号分析，可以更好地理解和探索藏羊遗传背景。
二、研究内容
本研究将主要基于全基因组重测序的数据，通过群体分析、遗传多样性分析和人工选择影响因素分析等手段，进一步探讨藏羊品种的自然选择和人工选择信号，并尝试找到相关基因，以期了解适应性和优良性状背后的分子基础。具体内容如下：
1.选样及样品库建立
本研究选取10个地处云南省迪庆州的藏羊个体为研究对象，同时选取20个世居于平原地带，与藏羊基因相距较远的家羊个体作为对照组。同时基于全基因组重测序进行生成序列，数据统一处理，建立齐全的样品库。
2.进化历史和群体分析
利用不同的计算方法和软件，进行藏羊和家羊的分子进化历史和群体分析，包括种群分化时间、基因流量、分子多态性、遗传距离等内容，探索藏羊的起源和进化分析。
3.遗传多样性与家畜驯化
分析样本中的单倍群类型、核酸多样性、多态性、Fst值等基因多样性参数，探讨藏羊在家畜驯化过程中所产生的遗传多样性。
4.自然选择信号
基于分群方法进行全基因组扫描，筛选肯定与藏羊的自然选择相关的遗传顶点和功能基因，并对其基因功能和调控通路进行深入分析。
5.人工选择影响因素分析
通过分析人工选择所产生的影响因素，对比分析自然选择和人为选育对藏羊遗传基础的影响，并预测剩余群体的遗传背景。
三、意义和贡献
本研究将有助于对藏羊品种遗传背景的探究和了解，深入分析藏羊的自然选择和人工选择信号，研究藏羊适应环境和抗逆性状的分子基础，并且预测和探索藏羊的潜在优良性状，对藏羊的保育和羊肉产业的发展等方面都具有积极意义和重要价值。同时，本研究对于全基因组重测序数据的分析方法有一定的指导作用，也为其他畜牧业的基因组选择信号分析提供了借鉴。