基于全基因组选择信号挖掘中国地方绵羊在驯化过程中的选择印记的任务书.docx

基于全基因组选择信号挖掘中国地方绵羊在驯化过程中的选择印记的任务书
任务书
一、背景
中国地方绵羊是一种中国本土的常见绵羊，其分布范围广，数量众多，是我国重要的畜牧资源。随着人类的驯化，中国地方绵羊逐渐经历了一个漫长而复杂的驯化过程，其体形、繁殖力以及毛色等性状也发生了显著的变化。然而，对于中国地方绵羊驯化过程中的选择印记的研究还相对较少。
基于全基因组选择信号的挖掘是目前研究驯化过程及现代耕种家禽家畜的遗传基础的重要手段之一。通过该方法可以发现驯化和育种过程中遗传变异的基因学证据，为该物种的进化和遗传基础提供了重要的参考。本次任务旨在利用全基因组选择信号挖掘方法，对中国地方绵羊在驯化过程中的选择印记进行深入研究。
二、研究内容
1.数据准备
从公共数据库中下载中国地方绵羊的全基因组序列数据以及其它参考材料的基因组信息。
2.分析策略
基于全基因组的比较基因组学,建立中国地方绵羊与野生羊进行比较,分析在中国地方绵羊驯化过程中发生的选择事件，识别与体形、生产性状及其他生物学性状相关的基因组位点。
3.挑选关键位点
利用不同的计算方法，分析不同选择条件下基因组位点的选择情况，并选择最具代表性的关键位点进行进一步分析。
4.功能注释与通路分析
对选择的关键基因进行GO、KEGG及其他通路分析,验证其在绵羊驯化中的显著作用。
5.文献整理与编写
查阅相关文献，整理绵羊驯化过程中选择事件的历史演化，将研究结果进行归纳和总结，并撰写出论文。
三、工作流程及时间计划
1.数据准备（1周）
2.分析策略（2周）
3.挑选关键位点（2周）
4.功能注释与通路分析（3周）
5.文献整理与编写（2周）
四、成果要求
1.撰写一篇不少于3000字的学术论文，介绍中国地方绵羊在驯化过程中的选择印记及其可能的遗传机制。
2.在完成论文的同时，在会议或学术报告中进行介绍。
3.提供分析代码以及相关软件。
4.归档数据，上传到公共数据库以供其他研究者使用。
五、参考文献
1.Andersson,L.,andGeorges,M.(2004).Domestic-animalgenomics:decipheringthegeneticsofcomplextraits.Nat.Rev.Genet.5,202–212.
2.Groenen,M.A.M.,Archibald,A.L.,Uenishi,H.,Tuggle,C.K.,Takeuchi,Y.,Rothschild,M.F.,Rogel-Gaillard,C.,Park,C.,Milan,D.,Megens,H.-J.,etal.(2012).Analysesofpiggenomesprovideinsightintoporcinedemographyandevolution.Nature491,393–398.
3.Li,Y.,Zhao,Y.,Yin,H.,Gao,J.,Zhu,J.,andZhang,Y.(2018).Genome-wideanalysisrevealsartificialselectiononcoatcolourandreproductivetraitsinChinesedomesticsheep.Scientificreports8,6467.
4.Qanbari,S.,Hansen,M.,Weigend,S.,Preisinger,R.,Simianer,H.,andWeigend,A.(2010).Bayesiananalysesoftwosampleselectionmodelsappliedtothedetectionofselectivesweepregionsinthepiggenome.BMCGenet.11,36.