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利用比较基因组学与群体基因组学方法挖掘家犬基因组在驯化过程中的选择印记的中期报告
自人类将灰狼驯化为家犬以来，家犬多次经过遗传演化，以适应人类对宠物、保护、捕猎等需求。然而，对于家犬的驯化具体机制仍然存在许多未知因素，特别是对于家犬驯化过程中的基因选择印记。本研究旨在利用比较基因组学和群体基因组学方法研究家犬的基因组，以揭示其在驯化过程中的选择印记。以下是本研究的中期报告：
1.数据收集与处理
我们通过NCBI数据库收集了20个家犬基因组序列和两个灰狼基因组序列作为对照组。利用bwa-mem软件将测序数据比对到灰狼基因组和狗参考基因组，使用SAMtools比较序列，过滤并剔除污染序列和质量低下的序列。最终，我们获得了15个家犬和两个灰狼的清洗序列数据。
2.基因组比较和选择压力分析
我们将家犬基因组分为两组：野生种群和驯化种群，并利用dadi软件进行基因组比较和选择压力分析。结果表明，野生种群和驯化种群之间存在丰富的基因差异和选择响应。特别是驯化种群中存在大量的基因选择压力标志，这表明家犬在驯化过程中受到了极大的基因选择压力。
3.群体遗传学分析
我们对15个家犬基因组进行了群体遗传学分析，以确立其种群结构。结果表明，不同品种的家犬具有不同的种群遗传结构，这表明家犬品种的驯化过程是由多个分散的中心同时推进的。此外，我们还发现了一些家犬种群之间存在的基因流。
4.选择压力通路分析
最后，我们通过GeneOntology、KEGGPathway和GOTermEnrichment分析等方法，对驯化种群中的选择印记和相关基因进行了功能注释和通路分析。结果表明，在家犬的驯化过程中，与行为、神经系统、免疫系统和代谢等相关的选择压力印记特别突出。这些选择印记和基因可能对人类与犬类之间的互动和犬类自身的适应性具有重要的生物学意义。
结论
本研究通过比较基因组学和群体基因组学方法，揭示了家犬在驯化过程中的选择印记和相关基因。我们的研究结果表明，家犬驯化过程中受到了强烈的基因选择压力，并且驯化过程存在多个分散的中心。此外，我们还发现了驯化过程中的一些重要的基因通路和分子表达模式。这些结果为进一步研究家犬驯化和人类与犬类之间的互动提供了重要的分子基础。