甜叶菊高密度遗传图谱构建及其分子标记筛选的任务书.docx

甜叶菊高密度遗传图谱构建及其分子标记筛选的任务书
任务书
一、任务背景
甜叶菊又名糖叶菊，是一种优质的天然甜味剂，具有高甜度、低卡路里、不发酵、不变色等特点。因此，甜叶菊在食品、饮料、药品、化妆品等领域广泛应用。然而，甜叶菊在国内的种质资源研究和利用相对滞后，国内野生甜叶菊种质基础不太完善，品种单一、数量不足，缺乏高效的育种技术和较好的遗传改良方法。因此，建立甜叶菊的高密度遗传图谱并进行分子标记筛选，对于甜叶菊育种和种质资源保护具有重要意义。
二、任务目标
1.构建甜叶菊高密度遗传图谱：对于甜叶菊基因组序列数据进行分析，设计SNP分析策略，构建甜叶菊高密度遗传图谱，为甜叶菊遗传育种提供有力的基础支撑。
2.筛选甜叶菊分子标记：利用甜叶菊高密度遗传图谱，结合相关表型数据，对甜叶菊中相关的重要基因进行分析和挖掘，筛选和鉴定高效稳定的分子标记，为后续育种选育和品种改良提供参考。
三、任务内容
1.甜叶菊基因组序列数据分析：获取并整合甜叶菊基因组序列数据，进行序列质量检测、去除低质量序列、序列拼接等预处理工作。建立甜叶菊基因组大小、基因组结构、SNP等基础信息数据库。
2.SNP分析策略设计：分析甜叶菊基因组中的SNP基因组分布特征，并根据不同的筛选条件进行分析和筛选，确定可靠的SNP位点。
3.高密度遗传图谱构建：根据甜叶菊SNP筛选结果，设计合理的遗传图谱构建方案，对甜叶菊种质资源中的父本和子本进行产生并构建高密度遗传图谱。
4.分子标记鉴定筛选：结合相关表型数据，进行关键基因的分析和挖掘，并利用遗传图谱进行分析和筛选，鉴定出稳定、高效的分子标记。
四、任务进度安排
1.第一阶段（1个月）：获取甜叶菊基因组序列数据，进行数据预处理工作，并建立甜叶菊基础数据库。
2.第二阶段（2个月）：根据SNP分析策略，对甜叶菊基因组序列进行分析和筛选，挖掘甜叶菊SNP位点。
3.第三阶段（6个月）：设计高密度遗传图谱构建方案，对甜叶菊材料进行测序和基因组分型，并构建高密度遗传图谱。
4.第四阶段（3个月）：结合相关表型数据，分析和鉴定关键基因，进行分子标记筛选和鉴定。
五、任务团队
1.负责人：教授/研究员
2.团队成员：2-4名研究助理
六、任务成果
1.甜叶菊高密度遗传图谱构建报告：包括甜叶菊SNP分析策略、高密度遗传图谱构建过程、遗传图谱的质量控制与评价等内容。
2.甜叶菊分子标记筛选报告：包括关键基因分析和挖掘、分子标记筛选和鉴定过程、分子标记的性能评价等内容。
3.相关论文发表：根据研究成果，撰写学术论文，并在相关学术期刊上发表。
4.研究数据共享：对甜叶菊高密度遗传图谱、SNP位点信息和分子标记信息进行公开共享，推动甜叶菊研究和产业的发展。