三个水稻电子遗传图谱的构建及水稻品种指纹图谱库的初步研究的任务书.docx

三个水稻电子遗传图谱的构建及水稻品种指纹图谱库的初步研究的任务书
任务书
题目：三个水稻电子遗传图谱的构建及水稻品种指纹图谱库的初步研究
任务背景：
水稻是世界上最重要的粮食作物之一，在我国也是主要的粮食作物之一。水稻品种资源多样性是国家粮食安全和农业可持续发展的重要基础，因此对水稻品种的鉴别和分类具有重要的意义。随着现代生物技术的发展，如何运用现代生物技术手段和大数据分析方法来构建水稻电子遗传图谱和水稻品种指纹图谱库，已成为当前研究的热点之一。
任务目标：
本次任务旨在：
1.构建三个水稻电子遗传图谱，分别为全基因组SNP遗传图谱、转录组SSR遗传图谱和表观遗传图谱，从而揭示不同水平的遗传变异信息；
2.运用这些遗传变异信息，构建水稻品种指纹图谱库，建立多角度的水稻品种分类和鉴别方法。
任务内容：
1.采集三个不同水稻品种在不同生长阶段的全基因组、转录组和表观组数据，包括SNP序列、SSR序列、全转录本序列、甲基化数据等；
2.建立全基因组SNP遗传图谱、转录组SSR遗传图谱和表观遗传图谱，将不同水稻品种之间的遗传变异信息可视化呈现；
3.基于遗传变异信息，构建水稻品种指纹图谱库，建立多角度的水稻品种分类和鉴别方法；
4.对构建的品种指纹图谱库进行验证和评价，分别以样品鉴定、品种加强或削减（等级分辩系统）以及品种间分类验证等形式进行。
执行方案：
1.采用高通量测序和生物信息学分析技术对三个不同水稻品种的全基因组、转录组和表观组数据进行分析；
2.利用多种数据挖掘和大数据分析方法，构建全基因组SNP遗传图谱、转录组SSR遗传图谱和表观遗传图谱；
3.基于遗传变异信息，构建水稻品种指纹图谱库，应用多种模式识别算法，建立多角度的品种分类和鉴别方法；
4.对构建的品种指纹图谱库进行验证和评价，选择多种品种进行验证和评价，分别以样品鉴定、品种加强或削减以及品种间分类验证等形式进行。
预期成果：
1.构建三个水稻电子遗传图谱，分别为全基因组SNP遗传图谱、转录组SSR遗传图谱和表观遗传图谱，揭示不同水平的遗传变异信息；
2.构建水稻品种指纹图谱库，建立多角度的水稻品种分类和鉴别方法；
3.完成对品种指纹图谱库的验证和评价，为该图谱库的应用奠定基础。
任务周期：
本任务周期为12个月。