玉米株高主效QTL qPH3.05精细定位及候选基因预测的任务书.docx

玉米株高主效QTLqPH3.05精细定位及候选基因预测的任务书
任务书
任务名称：玉米株高主效QTLqPH3.05精细定位及候选基因预测
任务背景：
玉米是全球最重要的粮食作物之一，其产量和品质直接关系到全球粮食安全和经济发展。而玉米的株高则是影响玉米产量和抗性的重要决定因素之一。因此，研究玉米株高主效QTL(quantitativetraitloci)对于玉米育种及玉米产量提高具有重要意义。目前，有一些研究报道了玉米株高主效QTLqPH3.05与玉米株高密切相关，但其精细定位及候选基因尚未清晰。因此，本任务将针对该QTL进行精细定位及候选基因预测的研究。
任务目标：
1.精细定位玉米株高主效QTLqPH3.05的位置。
2.移除重复、杂合、位于重复区域的标记点，筛选出可能与qPH3.05相关的标记。
3.针对qPH3.05位置，对可能的候选基因进行预测并进行功能分析。
4.对候选基因进行验证，验证其与qPH3.05对玉米株高的影响。
任务内容：
1.通过群体基因组测序及连锁分析，获得qPH3.05的高精度定位。
2.利用GWAS技术进行标记筛选，获得与qPH3.05相关的标记。
3.利用生物信息学方法对qPH3.05邻近的基因进行筛选和预测，并进行差异表达谱分析、功能富集分析等。
4.筛选出可能与qPH3.05相关的候选基因，在体外体内验证候选基因对qPH3.05的影响，并确定其功能。
任务计划：
任务周期：1年
任务步骤：
第一阶段：实验设计和文献调研，确定实验方案和方法。并完成玉米材料准备和样品处理。
第二阶段：群体基因组测序和连锁分析，确定Marker-denseChromosomeSegment对qPH3.05的定位。
第三阶段：GWAS分析筛选与qPH3.05相关的标记，并进行标记的生物信息学分析。
第四阶段：通过生物信息学方法对筛选与qPH3.05相关的标记的位置进行分析，预测可能的候选基因，并进行差异表达谱分析、功能富集分析等。
第五阶段：筛选出可能与qPH3.05相关的候选基因，进行体内外验证，并确定其功能。
第六阶段：结果分析和论文撰写，撰写研究论文并提交相关期刊。
预期结果：
1.精细定位玉米株高主效QTLqPH3.05的位置，并鉴定相关标记。
2.确认与qPH3.05相关的候选基因，并初步确定其功能。
3.提供高质量的实验方法和数据，为后续研究玉米株高提供技术和理论支持。
任务承担单位：XXXX大学实验室
任务负责人：XXX
任务参与人员：XXX，XXX，XXX
参考文献：
1.YanJ,KandianisCB,HarjesCE,etal.RaregeneticvariationatZeamayscrtRB1increasesβ-caroteneinmaizegrain.[J].Naturegenetics,2010,42(4):322-327.
2.WangH,LeeJ,LeeJ,etal.In-depthtranscriptomesequencingrevealswidespreadalternativesplicing-mediatedcircularisoformsinPhyscomitrellapatens.[J].Genomebiology,2018,19(1):1-18.
3.ChenJ,ZengB,ZhangM,etal.Identificationandfinemappingofamajorquantitativetraitlocusoriginatingfromwildrice,controllingricekernellength.[J].Scientificreports,2017,7(1):1-9.