HPC高性能计算平台Linpack测试手册_以太网络.pdf

Linpack测试手册（1）

千兆以太网：

Step1：安装MPICH2
将MPICH2安装包放到/hpc目录下，运行：
tar–xvfmpich2-1.0.2p1.tar
cdmpich2-1.0.2p1
创建MPICH2安装目录：
mkdir/hpc/mpich2
设置MPICH2安装目录：
./configure--prefix=/hpc/mpich2
配置完成后
make
makeinstall
安装完成后退出当前目录
进入/root目录编辑环境变量文件
cd/root
vi.bashrc
在文件最后附加一行
PATH="$PATH:/hpc/mpich2/bin"
关闭并保存文件，执行命令：
source.bashrc
检查
whichmpirun
返回/hpc/mpich2/bin/mpirun则mpi安装正常。
下面进行通用作业启动机制配置：
修改/root/.mpd.conf文件，内容为secretword=myword
cd/root
#vi.mpd.conf
文件内容如下
SECRETWORD=123456
设置文件读取权限和修改时间
#touch/root/.mpd.conf
#chmod600/root/.mpd.conf
cp./.mpd.conf/etc/mpd.conf
创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts
#vimpd.hosts
文件内容如下：
cn01
cn02
cn03
。。。。。。
启动MPD进程：命令如下
mpd&（单节点启动）
或者通过mpdboot启动，命令如下
mpdboot–n16–f/root/mpd.hosts(16为起动的机器的个数)
观看启动机器:
mpdtrace（看到所有启动机器的列表则正常）
退出用命令：
mpdallexit
Step2：安装数学库（GotoBLAS）
将数学库安装包GotoBLAS-1.26.tar.gz放到/hpc目录下，运行：
tar–zxvfGotoBLAS-1.26.tar.gz
cdGotoBLAS
32bit安裝：./quickbuild.32bit
64bit安裝：./quickbuild.64bit
安裝完成后，在当前目录下会生成3个文件，系統根据你的CPU型式來取
名，例如：
libgoto.a
libgoto_core2p-r1.14.a系統根据你的CPU型式來取名
libgoto_core2p-r1.14.so
其中libgoto.a
即为使用的数学库函数，记下该路径

Step3：安装linpack测试包（hpl.tgz）
将linpack测试包hpl.tgz放到/hpc目录下，运行
tar–xvfhpl.tgz
cdhpl
cdsetup
cp./Make.Linux_PII_FBLAS/hpc/hpl/Make.test
cd..
pwd
目录为/hpc/hpl/
viMake.test编辑该文件如下地方需要更改：
ARCH=test

TOPdir=/hpc/hpl
INCdir=$(TOPdir)/include
BINdir=$(TOPdir)/bin/$(ARCH)
LIBdir=$(TOPdir)/lib/$(ARCH)

MPdir=/hpc/mpich2
MPinc=-I$(MPdir)/include
MPlib=$(MPdir)/lib/libmpich.a

LAdir=/hpc/GotoBLAS
LAlib=$(LAdir)/libgoto.a

CC=$(MPdir)/bin/mpicc
LINKER=$(MPdir)/bin/mpif77
更改完毕保存后进行编译
makearch=test
完成后会在/hpc/hpl/bin下生成test目录，进入
cdbin/test
会看到2个文件HPL.dat和xhpl
编辑HPL.dat，设置如下：P值，Q值，NB值，Ns值可根据情况调整，不能
超过sqrt(（单个计算节点内存*计算节点个数)/8)*0.8，否则可能导致测试中使用
swap分区或者内存耗尽而导致的死机，P*Q=进程数=核数，16台计算节点，内
存8G,每节点8核心数,共128核心例子如下：
HPLinpackbenchmarkinputfile
InnovativeComputingLaboratory,UniversityofTennessee
HPL.outoutputfilename(ifany)
6deviceout(6=stdout,7=stderr,file)
1#ofproblemssizes(N)
100000Ns
1#ofNBs
192NBs
0PMAPprocessmapping(0=Row-,1=Column-major)
1#ofpr