HPC高性能计算平台Linpack测试手册-以太网络.pdf

Linpack测试手册（1）千兆以太网：Step1：安装MPICH2将MPICH2安装包放到/hpc目录下，运行：tar–xvfmpich2-1.0.2p1.tarcdmpich2-1.0.2p1创建MPICH2安装目录：mkdir/hpc/mpich2设置MPICH2安装目录：./configure--prefix=/hpc/mpich2配置完成后makemakeinstall安装完成后退出当前目录进入/root目录编辑环境变量文件cd/rootvi.bashrc在文件最后附加一行PATH="$PATH:/hpc/mpich2/bin"关闭并保存文件，执行命令：source.bashrc检查whichmpirun返回/hpc/mpich2/bin/mpirun则mpi安装正常。下面进行通用作业启动机制配置：修改/root/.mpd.conf文件，内容为secretword=mywordcd/root#vi.mpd.conf文件内容如下SECRETWORD=123456设置文件读取权限和修改时间#touch/root/.mpd.conf#chmod600/root/.mpd.confcp./.mpd.conf/etc/mpd.conf创建主机名称集合文件/root/mpd.hosts#vimpd.hosts文件内容如下：cn01cn02cn03。。。。。。启动MPD进程：命令如下mpd&（单节点启动）或者通过mpdboot启动，命令如下mpdboot–n16–f/root/mpd.hosts(16为起动的机器的个数)观看启动机器:mpdtrace（看到所有启动机器的列表则正常）退出用命令：mpdallexitStep2：安装数学库（GotoBLAS）将数学库安装包GotoBLAS-1.26.tar.gz放到/hpc目录下，运行：tar–zxvfGotoBLAS-1.26.tar.gzcdGotoBLAS32bit安裝：./quickbuild.32bit64bit安裝：./quickbuild.64bit安裝完成后，在当前目录下会生成3个文件，系統根据你的CPU型式來取名，例如：libgoto.alibgoto_core2p-r1.14.a系統根据你的CPU型式來取名libgoto_core2p-r1.14.so其中libgoto.a即为使用的数学库函数，记下该路径Step3：安装linpack测试包（hpl.tgz）将linpack测试包hpl.tgz放到/hpc目录下，运行tar–xvfhpl.tgzcdhplcdsetupcp./Make.Linux_PII_FBLAS/hpc/hpl/Make.testcd..pwd目录为/hpc/hpl/viMake.test编辑该文件如下地方需要更改：ARCH=testTOPdir=/hpc/hplINCdir=$(TOPdir)/includeBINdir=$(TOPdir)/bin/$(ARCH)LIBdir=$(TOPdir)/lib/$(ARCH)MPdir=/hpc/mpich2MPinc=-I$(MPdir)/includeMPlib=$(MPdir)/lib/libmpich.aLAdir=/hpc/GotoBLASLAlib=$(LAdir)/libgoto.aCC=$(MPdir)/bin/mpiccLINKER=$(MPdir)/bin/mpif77更改完毕保存后进行编译makearch=test完成后会在/hpc/hpl/bin下生成test目录，进入cdbin/test会看到2个文件HPL.dat和xhpl编辑HPL.dat，设置如下：P值，Q值，NB值，Ns值可根据情况调整，不能超过sqrt(（单个计算节点内存*计算节点个数)/8)*0.8，否则可能导致测试中使用swap分区或者内存耗尽而导致的死机，P*Q=进程数=核数，16台计算节点，内存8G,每节点8核心数,共128核心例子如下：HPLinpackbenchmarkinputfileInnovativeComputingLaboratory,UniversityofTennesseeHPL.outoutputfilename(ifany)6deviceout(6=stdout,7=stderr,file)1#ofproblemssizes(N)100000Ns1#ofNBs192NBs0PMAPprocessmapping(0=Row-,1=Column-major)1#ofprocessgrids(PxQ)8Ps16Qs16.0threshold1#ofpanelfact0PFACTs(0=left,1=Crout,2=Right)1#ofrecursivestoppingcriterium2NBM