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122中国真菌学杂志2011年4月第6卷第2期ChinJMyco,lApril2011,Vol6,No.2

综述

rDNA-ITS序列鉴定深部真菌菌种的研究进展

仇萌邹先彪
(解放军总医院第一附属医院皮肤科,北京100048)

摘要目前深部真菌病的发生率呈逐渐上升趋势,有关深部真菌菌种的鉴定成为研究热点。由于传统的菌种鉴定方法
存在费时及易受实验条件影响等不足,核糖体rDNA-ITS序列分析法已越来越广泛的应用于真菌属内不同种间的系统发育
研究中。本文综述了核糖体rDNA-ITS鉴定深部真菌菌种的研究进展,展望了其应用前景。
关键词ITS区;鉴定;深部真菌
中图分类号R446.53文献标识码B文章编号1673-3827(2011)02-0122-04

近年来,随着医学技术的飞跃发展,抗生素、免reactions,PCR)、限制性片段长度多态性分析(re-
疫抑制剂、皮质类固醇激素在临床得以广泛应用,strictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)、分子
介入治疗、器官移植、导管插管等技术普遍开展,又杂交及随机扩增多态性分析DNA(randomamplif-i
[2]
因免疫障碍和艾滋病的流行,深部真菌感染呈持续cationofpolymorphicDNA,RADP)等。目前,这
上升趋势,且预后较差,病死率高。引起深部真菌些分子生物学检测方法多聚焦于对rDNA的内部
感染的真菌种类很多,临床常见的有念珠菌、隐球转录间隔区(internaltranscribedspacer,ITS)序列
菌、曲霉菌、毛霉菌、青霉菌、孢子丝菌等。有报道,分析的研究,主要是由于该区域可从不太长的核酸
念珠菌属的感染在获得性血液感染中已经占第4序列中获得相对足够的信息用来研究深部真菌种
[3]
位,是院内真菌感染的78.3%。近年来,曲霉菌感间及部分种内群体的关系。本文对真菌基因组
染已经上升到了深部真菌感染的第2位[1]。深部rDNA的ITS序列在深部真菌鉴定方面的研究现状
真菌感染的诊断一直是临床微生物实验室的主要作一简要概述。
难题其早期诊断对深部真菌感染的临床结果有着
,1rDNA-ITS的结构及其特点
重大影响,在越来越多的耐药菌株出现后,菌种鉴
别的重要性已不容忽视。传统的真菌分类方法主构成真核生物核糖体的rRNA由rDNA编码,
要根据真菌的形态学、生理生化特点及生理生化指rDNA是基因组DNA中的中等重复、串联排列、并
[4]
标来来进行分析,但由于某些真菌属、种之间的形有转录活性的基因家族。rDNA一般由转录区和
态学或生理生化差异极不显著,且真菌的培养和检非转录区构成。转录区包括5S、5.8S、18S和28S
出需要特殊培养条件和方法以及多数真菌的生长rDNA,其中18S、5.8S和28SrDNA基因组成一个
缓慢等特点的影响,给真菌鉴定工作带来困难。随转录单元,产生一个前体RNA。内转录间隔区
着1953年DNA双螺旋结构的提出,分子生物学检ITS1(internaltranscribedspacer1)位于18S和5.8S
测手段被发现在真菌快速检测和鉴定方面有巨大rDNA之间,内转录间隔区ITS2位于5.8S和28S
的潜能,包括多聚酶链式反应(polymerasechainrDNA之间,ITS1和ITS2合称为ITS。在染色体上
ITS可被转录,分开这些重复序列的DNA片段称为
非转录区(nontranscribedspacers,NTS),在18SrD-
作者简介:仇萌,女(汉族),本科,主治医师.E-mai:[e-mail]基因上游和28SrDNA基因下游的小片段称外
com
通讯作者:邹先彪,E-mai:[e-mail]转录间隔区ETS(externaltranscribedspace),NTS
中国真菌学杂志2011年4月第6卷第2期ChinJMyco,lApril2011,Vol6,No.2123

和ETS一起组成基因间隔区(internalgenespac-广泛地应用于真菌属内不同种间或近似属间的系
ers,IGS),在转录时有启动和识别作用[5,6]。ITS和统发育研究中。其中研究最多的是念珠菌属和曲
ETS包含有rDNA前体加工的信息,在rRNA成熟霉属。Bobby等[12]使用焦磷酸测序技术(pyrose-
过程中有着相当重要的作用。真菌rDNA基因组quencingstrategy)对60株念珠菌属菌株进行ITS2
内有60~200个拷贝,其中ITS区域长度一般在序列扩增后进行菌种鉴定,结果C.albicans,C.
650~750bp之间。dublin