多序列比对.ppt

多序列比对(MultipleAlignments)寻找蛋白质家族，识别多个序列的保守区域

相似的蛋白质序列往往具有相似的结构与功能

辅助预测新序列的二级或三级结构

可以直观地看到基因的哪些区域对突变敏感

PCR引物设计

分析多个序列的一致序列

用于进化分析，是用系统发育方法构建进化树的初使步骤

寻找个体之间单核苷酸多态性(SNPs)

通过序列比对发现直系同源(Orthologs)与旁系同源(Paralogs)基因

寻找同源基因(相似的序列往往具有同源性)多序列比对与进化研究例子一个多序列比对例子多序列比对方法在多序列比对前要考虑的问题
序列长度为n的双序列比对
n2比对

比对数目成指数增长
例如：序列长度为n，序列数为N的多序列比对数目是nN

对于数目较少且较短的序列来说都不切实际分而治之(DivideandConquer,DCA)方法
将MSA的空间复杂度减小

DCA在线MSA

http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dca-simple.html
Soineffect…SP(SumofPairs)方法SP方法例子累进算法(ProgressiveMethods)1对所有序列做双序列比对，构建距离矩阵计算相似性分数值一般累进比对方法累进算法的一些问题ClLUSTALW/X简介CLUSTAL方法********CLUSTALW(1.8)MultipleSequenceAlignments********

1.SequenceInputFromDisc

2.MultipleAlignments

3.Profile/StructureAlignments

4.Phylogenetictrees

S.Executeasystemcommand

H.HELPX.EXIT(leaveprogram)

Yourchoice:1<rtn>
Sequencesshouldallbein1file.

7formatsaccepted:

NBRF/PIR,EMBL/SwissProt,Pearson(Fasta),
GDE,Clustal,GCG/MSF,RSF.

Enterthenameofthesequencefile:anti.fasta<rtn>

SequenceformatisPearsonSequencesassumedtobePROTEIN

Sequence1:ANP4_PSEAM 85aa
Sequence2:ANP_LIMFE 97aa
Sequence3:ANPA_PSEAM 82aa
Sequence4:ANPX_PSEAM 91aa
Sequence5:ANPY_PSEAM 91aa********CLUSTALW(1.8)MultipleSequenceAlignments********
1.SequenceInputFromDisc

2.MultipleAlignments

3.Profile/StructureAlignments

4.Phylogenetictrees

S.Executeasystemcommand

H.HELPX.EXIT(leaveprogram)

Yourchoice:2<rtn>ClustalWEnteranamefortheCLUSTALoutputfile[anti.aln]:<rtn>

EnternamefornewGUIDETREEfile[anti.dnd]:<rtn>

StartofPairwisealignmentsAligning...
Sequences(1:2)Aligned.Score:62
Sequences(1:3)Aligned.Score:59
Sequences(1:4)Aligned.Score:84
Sequences(1:5)Aligned.Score:83
Sequences(2:3)Aligned.Score:68
Sequences(2:4)Aligned.Score:80
Sequences(2:5)Aligned.Score:79
Sequences(3:4)Aligned.Score:81
Sequences(3:5)Aligned.Score:80
Sequences(4:5)Aligned.Score:98
Guidetreefilecreated:[anti.dnd]
StartofMultipleAlignment
Thereare4groupsAligning...
Group1:Sequences:2Score:1476
Group2:Sequences:3Score:1499
Group