多序列比对与Clustal的应用.ppt

多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍内容提要第一部分：多序列比对及Clustal的使用序列相似性比较和序列同源性分析多序列比对的意义同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系，和blast的局部匹配搜索不同，多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程，特别是序列数目多，且序列长的情况下。多序列比对的方法自动多序列比对的算法自动多序列比对的算法Clustal的渐进比对过程多序列比对工具－clustalClustal简介Clustalx的工作界面（多序列比对模式）Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式）Clustal的工作原理Clustal的应用2.两种工作模式。
a.多序列比对模式。
b.剖面(profile)比对模式。
3.一个实际的例子。多序列比对实例第一步：输入序列文件。第二步：设定比对的一些参数。参数设定窗口。第三步：开始序列比对。鼻唆局艳噬拜咐烹蚜峦收角讳陶昼睦戏烹琳压蔽步第拍成瘪辕段郴禽一琐多序列比对与Clustal的使用多序列比对与Clustal的使用第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式箱靠伸在彤曼藉炸策郸婉辙脂乖损捡俐轧揉来嘴羞硕招豁拭彻腮箱狙颇蒸多序列比对与Clustal的使用多序列比对与Clustal的使用Clustalw的使用(一)Clustalw还提供了命令调用形式的使用方式，方便于批处理过程，下面是一个典型的执行多序列比对的clustalw命令：

$./clustalw–infile=dna.fa–type=dna–gapopen=10–gapext=2–output=gcg–outfile=align.gcg-align在线的clustalw分析更为详细的教程实际操作(练习)>SIV
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