一种与卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病相关性状的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113667764A(43)申请公布日2021.11.19(21)申请号202111129290.6C12N15/11(2006.01)(22)申请日2021.09.26(66)本国优先权数据202110446990.12021.04.25CN(71)申请人中国水产科学研究院南海水产研究所地址510300广东省广州市海珠区新港西路231号(72)发明人张殿昌朱克诚刘宝锁何佩莹江世贵郭华阳张楠郭梁(74)专利代理机构广州知友专利商标代理有限公司44104代理人宣国华刘艳丽(51)Int.Cl.权利要求书1页说明书5页C12Q1/6888(2018.01)序列表5页附图1页(54)发明名称一种与卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病相关性状的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明公开了一种与卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病相关性状的SNP分子标记，该SNP分子标记由卵形鲳鲹LAAO基因中克隆得到，位于LAAO基因外显子中，该分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，在该序列的6200位和6237位碱基处分别存在两个等位基因突变(C/T)和(G/A)，还公开了用于扩增SNP分子标记的引物，以及上述SNP分子标记或引物在鉴别或选育抗刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种方面的应用。本发明筛选的分子标记对卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病性状进行了关联分析，本发明的两个标记可应用于以抗病性状为目标的卵形鲳鲹育种材料早期筛选，能够有效提高育种的效率和缩短育种年限。CN113667764ACN113667764A权利要求书1/1页1.一种与卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病相关性状的SNP分子标记，其特征是：所述SNP分子标记为SNP6200或SNP6237，所述SNP6200位于LAAO基因如SEQIDNO：1所示的碱基序列自5’端起的第6200位，其碱基为C或T，所述SNP6237位于LAAO基因如SEQIDNO：1所示的碱基序列自5’端起的第6237位，其碱基为G或A。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征是：第6200位的TT基因型个体比CC基因型个体更加抗感，即第6200位的TT基因型个体的抗刺激隐核虫病能力高于CC基因型个体；第6237位的AA基因型个体比GG基因型个体更加抗感，即第6237位的AA基因型个体的抗刺激隐核虫病能力高于GG基因型个体。3.用于扩增权利要求1所述SNP分子标记的引物，其特征是：所述引物为引物对SNP6200或SNP6237，所述引物对SNP6200的上、下游引物的碱基序列分别如SEQIDNO：2和SEQIDNO：3所示，所述引物对SNP6237的上、下游引物的碱基序列分别如SEQIDNO：4和SEQIDNO：5所示。4.权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的引物在鉴别或选育抗刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种方面的应用。5.权利要求2所述的SNP分子标记的获取方法，其特征是包括以下步骤：(1)提取卵形鲳鲹个体的基因组DNA；(2)根据卵形鲳鲹LAAO基因组序列，设计权利要求3所述引物对SNP6200或引物对SNP6237，进行PCR扩增；(3)扩增后使用琼脂糖凝胶电泳检测，对凝胶图中有均一条带的样品进行测序，根据测序峰图判断潜在的SNPs位点；(4)对SNPs位点进行基因分型，发现LAAO基因的外显子存在两个SNP位点，分别将其命名为SNP6200位点和SNP6237位点。6.一种抗刺激隐核虫病卵形鲳鲹的鉴别方法，其特征是包括以下步骤：(1)提取卵形鲳鲹的基因组DNA；(2)采用权利要求3中的引物对SNP6200或引物对SNP6237进行PCR扩增，获得PCR产物；(3)对扩增后产物进行基因分型，对SNP位点的基因型和等位基因的频率分布进行统计，再对SNP位点与抗刺激隐核虫性状的关联度进行检验，得出两者间是否存在显著性差异。7.根据权利要求6所述的鉴别方法，其特征是：步骤(3)中利用Excel2016对SNP位点的基因型和等位基因的频率分布进行统计，再采用SPSSStatistics17.0软件对SNP位点与抗刺激隐核虫性状的关联度进行卡方检验，得出两者间是否存在显著性差异。8.根据权利要求6所述的鉴别方法，其特征是：步骤(3)中SNP6200位点的TT基因型个体比CC基因型个体更加抗感(P<0.05)，SNP6237位点的AA基因型个体比GG基因型个体更加抗感(P<0.05)。9.根据权利要求6所述的鉴别方法，其特征是：步骤(3)中SNP6200位点的TT基因型个体和SNP6237位点的AA基因型个体为抗刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种。2CN113667764A说明书1/5页一种与卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病相关性状的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于鱼类遗传育