gromacs断点续接.pdf

使用tpbconv重启gromacs模拟在使用gromacs的mdrun进行模拟计算过程中，很多因素可以是模拟计算终止。比如突然断电，断网或者磁盘空间满，或者windows死机（^_^）等等。重启gromacs模拟计算是一件十分方便的事情，因为gromacs众多的程序里面就有一个专门（或者吧）用来修改tpr文件的，就是tpbconv。gromacs把模拟需要的所以文件都打包成一个tpr二进制文件，里面包含了分子坐标，各个原子在给定温度下速度和能量的分布。当模拟突然终止时，只要将终止时候系统的状态，即各个原子的位置、速度、坐标等装入tpr文件即可。tpbconv的参数也不少，可以使用"tpbconv-h"查看，但是制作一个重启tpr文件的参数和格式一般如下：tpbconv-stopol.tpr-ftraj.trr-eener.edr-onewtopol.tpr其中topol.tpr为原来的tpr文件，traj.trr为双精度坐标文件（不要用xtc文件，因为精度不够），ener.edr为系统能量输出文件，newtopol.tpr是重启模拟文件。以上的命令得到的是在计算突然终止前一个系统构象的信息。也可以在命令中加上一个"-time"参数来指定从那一个时间重新开始，如一下指定从一纳秒处重新开始模拟：tpbconv-stopol.tpr-ftraj.trr-eener.edr-time1000-onewtopol.tpr同时，如果模拟正常结束，而模拟时间让人觉得不够长时，可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件，一般格式如下：tpbconv-stopol.tpr-ftraj.trr-eener.edr-extend1000-onewtopol.tpr其中"-extend1000"表示延长1000ps的模拟时间。呵呵，非常好用。这样断了又开始，就会产生很多轨迹文件，分析的时候非常不方便，gromacs有其他常用的命令把坐标文件，能量文件连接成一个文件，其中比较常用的如trjcat和eneconv，格式分别如下：trjcat-ftraj1.trrtraj2.trr....-otraj_all.trreneconv-fener1.edrener2.edr...-oener_all.edr即使用"-f"读入所有轨迹或者能量文件，使用"-o"输出完整的轨迹和能量文件。最后说说一个tpbconv的弱点。tpbconv不能更改你原来tpr文件中并行计算的节点数，比如你原来的tpr文件是8个节点的，那么使用tpbconv得到的重启tpr文件也是8个节点的。如果想更改使用节点数，那只能用grompp重新做一个了。但是使用grompp做重启模拟文件时，就算你指定了原来的轨迹文件和能量文件，它还是会根据麦克斯韦分布重新给各个原子指定速度，真气人。嗯，如果你觉得这是一个大问题，那就伸长脖子等gromcas新版本出来吧。10:08PM|Addacomment|Readcomments(1)|Permalink|Blogit使用genbox命令为Gromacs模拟分子添加水环境（转）使用genbox命令为Gromacs模拟分子添加水环境使用editconf把分子放进一个盒子之后，接下来要做的就是往盒子里面添加水分子。Gromacs中添加水环境的命令是genbox，这是一个较其他命令简单一点的命令，因为参数不多。通常用到的genbox参数有一下几个：--------------------------------------------cp：带盒子参数的分子坐标文件，也就是editconf的输出文件；-cs：添加的水分子模型，如spc216、spce、tip3p、tip4p等，关于各个模型的区别，请参考scholargoogle；-o：输出坐标文件，就是添加水分子之后的分子坐标文件，默认是.gro文件，但是也可以输出其他文件格式，如pdb；-p：系统拓扑文件，genbox会往里面写入添加水分子的个数，这个不要忘记，不然在进行下一步计算时，会出现坐标文件和拓扑文件原子数不一致的错误；-ci：索引文件，genbox可以为分子特定部位添加水环境，这样可以减少原子数，只有研究的分子部位添加水环境，节省计算时间。-seed：随机种子数，添加水分子时，各个水分子的位置是随机的，可以改变这个随机数子使水分子重新分布。-------------------------------------------添加水分子后可以用VMD等软件看看结果，一般完成这个之后事情开始变得复杂。比如某一个水分子出现在蛋白结构中，而这个位置本来就是不希望水分子一开始就存在，那么可以找出这个水分的残基标号，进行删除，同时删除拓扑文件中水分子的数目等。10:07PM|Addacomment|Per