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Gromacs4.5+续跑部分内容转⾃Sensenbobo⼤神的⽂章1.利⽤cpt⽂件mpirun-n27mdrun_mpi-smd.tpr-cpimd.cpt-append-omd.trr-xmd.xtc-cmd.gro-emd.edr-gmd.log⼤致命令如上，即连着之前所输出的⽂件进⾏继续写⼊，如果有相同的帧会被覆盖掉。⽐较特别的地⽅是需要输⼊-xmd.xtc⽂件。2.tpbconvtpbconv-stopol.tpr-ftraj.trr-eener.edr-onewtopol.tprmdrun-snewtopol.tpr-onewtopol.trr-cnewtopol.gro-enewtopol.edr-gnewtopol.logtpbconv除了断点续跑之外还可以进⾏延长，-extend。tpbconv不能更改你原来tpr⽂件中并⾏计算的节点数，⽐如你原来的tpr⽂件是8个节点的，那么使⽤tpbconv得到的重启tpr⽂件也是8个节点的。如果想更改使⽤节点数，那只能⽤grompp重新做⼀个了。但是使⽤grompp做重启模拟⽂件时，就算你指定了原来的轨迹⽂件和能量⽂件，它还是会根据麦克斯韦分布重新给各个原⼦指定速度.3.使⽤grompp提取上⼀次模拟最后速度和能量使⽤grompp可以制作⼀个新的.tpr⽂件，从上⼀步模拟的轨迹⽂件中提取速度，并从上⼀步能量⽂件中提取能量，也可以⽆缝的链接重启模拟计算。要做到从上⼀步的最后的⼀个系统状态开始新的模拟计算。⾸先要在.mdp⽂件中把“gen_vel参”数定义为"no，"这样做是为了告诉grompp不要重新为系统中的原⼦指定随机速度。指定新模拟开始的时间，即修改"tinit参数。"然后可以使⽤⼀下命令制作⼀个从上⼀步模拟⽂件中提取速度和能量的.tpr⽂件：grompp-f[.mdp⽂件]-c上⼀步模拟最后的[系统坐标⽂件]-p拓扑[⽂件]-t上⼀步的[trr轨迹⽂件]-e上⼀步能量⽂件[]-time坐标[⽂件对应的模拟时间]-o输出[tpr⽂件]-np[CPU数⽬]提取上⼀步模拟系统的速度时使⽤trr⽂件，是因为xtc为单精度，没有trr⽂件精确。"-time参"数告诉grompp在上⼀步模拟⽂件中提取该时间的能量和速度，所以该时间要和系统的坐标⽂件相⼀致。