GROMACS教程.pdf

GROMACS程序DEMO例程#######################概述#######################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------该例程来自Gromacs程序/share/tutor/目录下。整个例程大概只需要十分钟就可以完成，非常适合初学者学习。该例程是一个完整的分子动力学模拟过程，涵盖了Gromacs程序基本的使用方法。模拟内容是一个水环境下的小肽链。模拟唯一要求是该小肽链的PDB文件。文档翻译如果有错，请你给我发信：[e-mail]。相关内容请参阅Gromacs文档，或者给Gromacs开发组询问。Gromacs官方网站：gromacs.orgEmail:[e-mail]----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------############################环境变量设置############################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------在以下的例程中，所有命令都直接运行，没有添加绝对路径。所以，必须将Gromacs安装路径的bin文件夹加入到系统PATH变量中。如果不加入PATH变量，那么运行时要加入命令的绝对路径。----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------###################PDB2GMX###################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------在进行如何分子动力学模拟之前，必须建立分子的拓扑文件。Gromacs的分子拓扑文件是用pdb2gmx命令生成，文件后缀名为.top。攑db2gmx的输入唯一文件是分子的PDB文件，可以从org寻找，文件后缀名pdb.。”不是所有的PDB文件都含有氢原子，pdb2gmx将添加所有缺失的氢原子。在pdb2gmx输出的gromacs结构文件中，包含了蛋白质结构的每一个原子，并定义了分子结构的尺寸大小。文件后缀名为.gro。”----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------假设分子PDB文件名为MOL.pdb，命令运行格式：pdb2gmx-fMOL.pdb-oMOL.gro-pMOL.top>output.pdb2gmx命令得到三个文件：MOL.gro是gromacs结构文件；MOL.top分子拓扑文件；output.pdb2gmx是pdb2gmx命令输出文件。##################GENBOX##################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------真空条件下进行分子模拟输出结果误差较大，所以模拟之前，必须给分子添加水环境。Gromacs中使用genbox命令完成。Genbox命令读入gromacs的结构文件，并读入水盒子尺寸的大小，输出文件包含分子文件和水盒子。同时genbox更改原来的拓扑文件，使其包含水分子。在使用genbox之前，要使用editconf命令定义水盒子大小。-----------------