Gromacs教程-水中的溶菌酶.pdf

GROMACS教程水中的溶菌酶JustinLemkulDepartmentofBiochemistry,VirginiaTechYongMa2008@小木虫译写在前面:1本人没有系统学习过MD,本教程是本人开始自学GROMACS的入门教程，在课余时间翻译的，对于很多专有词汇，不是很懂，翻译的不尽正确，欢迎批评指正2由于版本问题，本教程中某些命令行或需要输入的变量可能会有不同，请自行斟酌虫3本教程中红色为命令行，蓝色为超级链接，木橙黄色为程序运行时终端显示文字或文件内部文字小8@4由于Word排版问题，某些命令行中的空格不是很明显，00请注意；，同时由于时间仓促难免出现排版错误，请见谅a2gm5原版教程链接如下，强烈建议有兴趣的童鞋学习原版ony‐tutorials/lysozyme/index.html本例将指导新用户进行设置一个蛋白质(lysozyme)加上离子在水盒子里的模拟过程。每个步骤将包含对输入输出文件一般应用的典型设置的解释。这个教程假定你正在用gromacs的4.5.x版本。第一步，准备拓扑我们必须先下载我们要用的蛋白质结构。在这个教程中，我们将用鸡蛋清溶菌酶(PDB代码1AKI).去RCSB()网页下载PDB文本格式的结构。下载结构之后，可以利用VMD，chimera,PyMOL等可视化程序看一下蛋白质结构。看了这个分子之后，你要去掉结晶水。用纯文本编辑器，比如vi,emacs(Linux/Mac)或者notepad(Windows)。不要用文字处理软件！删掉那些相关行(PDB文件中residue“HOH”).注意这个过程不是必须的(比如在水分子的活性部位结合案例中)。我们强调我们这里不需要结晶水。检查你的.pdb文件看MISSING下面列的条目。因为这些条目显示了不存在于该晶体结构中的原子或者残基。终端可能没有或者不虫显示关于动力学的问题。任何不完整的内部序列或氨基酸残基的原子的木缺失将导致pdb2gmx失败。这些丢失的原子/残基必须通过其他软件来弥补。小还要注意pdb2gmx不是万能的，不能为任意分子产生拓扑文件，而只针对力场库@中已经定义的残基(在*.rtp文件中的一般的蛋白质，核酸和一些有限的辅助因8子，像是NAD(H)和ATP).00现在结晶水已经没了，我们2需要验证那些需要的原子还都在，PDB文件应该只含有蛋白质原子，而且准备m好a了迎接第一个gromacs工具pdb2gmx.Pdb2gmx的目的是产生三个文件。gon1.分子的拓扑文件y2.位置限定文件3.后处理文件拓扑文件(默认为topol.top)包含定义分子模拟的所有信息。这些信息包含非成键参数(原子类型和电荷)和成键信息(键长，键角和二面角)。拓扑文件形成后，我们要仔细看一下。用如下命令执行pdb2gmx命令：pdb2gmx-f1AKI.pdb-o1AKI_processed.gro-waterspce结构将被pdb2gmx处理，你要选择力场：SelecttheForceField:From'/usr/local/gromacs/share/gromacs/top':1:AMBER03forcefield(Duanetal.,J.Comp.Chem.24,1999-2012,2003)2:AMBER94forcefield(Cornelletal.,JACS117,5179-5197,1995)3:AMBER96forcefield(Kollmanetal.,Acc.Chem.Res.29,461-469,1996)4:AMBER99forcefield(Wangetal.,J.Comp.Chem.21,1049-1074,2000)5:AMBER99SBforcefield(Hornaketal.,Proteins65,712-725,2006)6:AMBER99SB-ILDNforcefield(Lindorff-Larsenetal.,Proteins78,1950-58,2010)7:AMBERGSforcefield(Garcia&Sanbonmatsu,PNAS99,2782-2787,2002)8:CHARMM27all-atomforcefield(withCMAP)-version2.09:GROMOS9643a1forcefield10:GROMOS9643a2forcefield(improvedalkanedihedrals)11:GROMOS9645a3forcefield(SchulerJCC2001221205)12:GROMOS9653a5forcefield(JCC2004vol25pag1656)13:GROMOS9653a6forcefield(JCC2004vol25pag1656)14:OPLS-A